在GWAS项目分析时,我们会得到所有位点的P值,那么如何确定显著性阈值呢?确定阈值分为了不同的流派。 1,Bonferroni矫正 这种方法应用最多,一般是N表示参与分析的SNP的个数,阈值可以是: * 1/N * 0.05/N * 0.01/N 文章中前两种用得较多,这种方法比较严格,有时候1/N也没有显著性位点,这时候,可以考虑降低N的个数。 2,降低N的个数
在解读p值时，我们需要谨慎，避免将其误读为假设的真实性。▍ p值和显著性阈值 p值是一个相当复杂的概念，但我们可以尝试通过简单的方式来理解它。首先，要明确零假设和假设的概念。零假设是默认立场，即认为两个统计现象之间没有联系。而假设则是科学家提出的需要证明的观点，它与零假设相对立。例如，科学家可能...
确定阈值分为了不同的流派。 1,Bonferroni矫正 这种方法应用最多,一般是N表示参与分析的SNP的个数,阈值可以是: * 1/N * 0.05/N * 0.01/N 文章中前两种用得较多,这种方法比较严格,有时候1/N也没有显著性位点,这时候,可以考虑降低N的个数。 2,降低N的个数 由于SNP之间有连锁,可以通过LD筛选,用剩余SNP作...
一般情况下，统计学假设检验采用0.05做为显著性水平的阈值，有时候也会用0.01。在没有特殊考虑的时候...
近日,复旦大学国际金融学院党总支副书记、副院长、金融学教授高华声与合作者常鑫、李维合著论文“Discontinuous Distribution of Test Statistics Around Significance Thresholds in Empirical Accounting Studies”(“实证会计研究中检验统计量在...
在GWAS项目分析时,我们会得到所有位点的P值,那么如何确定显著性阈值呢?确定阈值分为了不同的流派。 1,Bonferroni矫正 这种方法应用最多,一般是N表示参与分析的SNP的个数,阈值可以是: * 1/N * 0.05/N * 0.01/N 文章中前两种用得较多,这种方法比较严格,有时候1/N也没有显著性位点,这时候,可以考虑降低N的个...
百度试题 题目GWAS分析中显著性阈值是? A.0.01B.0.05C.0.01/SNP数D.0.05/SNP数相关知识点: 试题来源: 解析 C,D 反馈 收藏
回复@相忘江湖-问号: 在医药统计中,α分配值=0.0001代表极其严格的显著性阈值。 只有39%的成熟度,可用的累积数据还不够;一个是分配的α值只有0.001,在这样严苟的要求下得出HR为0.77。 等到了成熟度100%,α值用常规的0.025。会不会得出HR处于更低或者更高?这可能就是市场的担心点吧。$康方生物(09926)$//@相...
绘制曼哈顿图的时候,需要指定一个显著的阈值线 常规的阈值是0.05/n或0.01/n。n是基因型的标记数量(snp的数量)。 但是因为存在连锁不平衡,很多时候按照上面的这个阈值,会筛不出来位点。这种情况称为假阴线,所以就需要调整阈值。 调整阈值的软件有:GEC或simpleM. ...
常用的显著性阈值确定方法是: Bonferroni correction = 显著性水平(0.01/0.05)/检验次数(number of detected markers) Bonferroni校正P值是最严格的多重检验校正方法,由于SNP实际上不全是独立事件,可以通过LD计算,得到有效SNP个数,即Me,可以降低Bonferroni校正的严格性。