隐式溶剂模型 (implicit solvation model):最常用的方法是使用连续溶剂模型 (continuum solvent model)来计算溶剂效应。在连续溶剂模型中,忽略溶剂分子的结构和分布,溶剂被抽象成一个无限延伸的连续电介质,并包围着被溶质分子占据的空穴。连续电介质用介电常数来表征。溶质分子和其周围的连续电介质之间的相互作用作为额外...
EPS=78.3代表通过COSMO隐式溶剂模型表现外部水环境(介电常数为78.3)。靛青的坐标后面都写了0,代表在优化过程中固定靛青结构不动。对当前例子是否固定溶质其实无所谓,但半经验方法终究没有DFT稳健、普适,对于某些特殊的溶质分子结构描述得并不好,如果初始溶质结构是DFT优化过的,但MOPAC优化时不固定其结构,那可能会把...
Hence, for small systems, implicit is faster than explicit, but for a system like yours, explicit actually wins. 总之就是,对于小体系的话,隐式比显式快,而对于大体系的话,显式模型可能更胜一筹。原因是,速度快慢取决于非键相互作用的计算,显式溶剂模拟有非键截断距离,而隐式溶剂模拟需要计算所有原子的...
我在研究该反应【H2CN2 + H2O → (NH2)2CO】在水溶液里的反应路径，之前用隐式溶剂模型计 ......
隐式水模型未必会对当前体系反应路径、过渡态搜索结果有多显著影响。显式水有可能不可忽视 若DFT试算太...
科研热词推荐指数稳定性2动力分析2隐式算法1阻尼溶剂抽取法1锚杆模拟1通量修正1解耦1虚假反射1自由表面1聚类算法1结构试验1结构动力学1立面收进1移动粒子半隐式算法(mps)1相空间1沙漏控制1模态分析1模型降阶1核心筒底部加强部位1有限元1曲线梁桥1显式算法1显式有限元1显式动力接触算法1显式动力学算法1时域数值...
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隐式溶剂模型算溶解自由能不建议那么写关键词，对某个分子，就用scrf(SMD,solvent=Acetonitrile)的能量...
隐式溶剂模型下没法表现水与金属离子的配位作用，而且隐式溶剂模型对于离子体系，尤其是高价离子，误差会...