对这些靶标基因的功能注释分析显示,主要是与转录相关的术语在这些基因中富集,这与上述在A2780卵巢癌细胞中靶标功能分析结果一致。在这些候选基因中选择一组与肿瘤形成相关的基因来验证NSUN2的调控效应。由RNA-BisSeq确定的m5C位点以及由RNA-seq确定的RNA表达谱,通过RT-qPCR和RIP-PCR检测验证NSUN2敲除后靶标基因表达...
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 RIP-seq是将RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP)与二代测序技术(NGS)相结合以研究细胞内RNA与蛋白互作的技术,RIP利用目标蛋白抗体把相应的RNA-蛋白复合物(RNA Binding Protein,RBP)沉淀下来,然后经过富集和纯化就可以对结合在复合物上的RNA...
易基因全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶,在超声波打断基因组DNA片段的两端连接接头序列,连接产物通过重亚硫酸盐处理将未甲基化修饰的胞嘧啶C转变为尿嘧啶U,进而通过接头序列介导的 PCR 技术将尿嘧啶U转变为胸腺嘧啶T。 应用方向: WGBS广泛用于各种物种,要求全基因组扫描(不错过关键位点) 全基因组甲基化图谱...
(2)差异peak基因-DEG对应关联:筛选关键目的基因 peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。 peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。 九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin...
RNA甲基化测序原理示意图如下: 该技术的优势包括:(1)检测范围为 mRNA;(2)单碱基分辨率;(3)⾼准确性。 二、m5C RNA甲基化测序(RNA-BS)建库测序 项⽬最终数据的质量受到样品检测、建库、测序等每⼀环节的影响。为从源头保证测序数据准确可靠,易基因承诺在数据的所有实验室⽣产环节严格把关,确保⾼质量数据...
目标区域DNA甲基化的验证手段——Target-BS(靶基因重亚硫酸盐测序) 靶向特定区域进行超高深度甲基化测序。超高深度:可达几百到几千乘。单个区域长度<300bp需要设计BS引物,进行预扩增实验。WGBS vs. TBS相当于RNA-seq vs. RT-qPCR 关于易基因靶基因DNA甲基化测序(Target-BS) ...
相⽐于常规基因组及转录组测序,cfDNA-RBS测序⽅法产⽣的数据的特点决定其在⽐对时存在三⼤困难: (1)DNA⽚段正链和负链经过重亚硫酸盐转化后将不再反向互补,再经过PCR,便会产⽣四条不同的序列,这将⼤⼤增加⽐对时的计算量。 (2)经过重亚硫酸盐转化后,DNA序列⼤部分C碱基被转化成T碱基,...
近日，深圳市易基因科技有限公司开发的《一种微量降解基因组DNA甲基化建库测序方法及其试剂盒》获得专利授权，突破了相关技术的瓶颈。该测序方法名为“微量细胞全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(微量WGBS)”，是易基因科技自2015年开始研发的技术，于2017年申请发明专利，并于2021年获得发明授权。专利申请只是技术的原型和...
关于易基因单细胞转录组测序 (smart-seq2) 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案无法满足某些特殊或者少量细胞样本甚至单细胞转录组研究。Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly(A)的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序,能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增,得到全长转录本,实现高水平的序列模板转换。
近年来单细胞测序真是火得一塌糊涂,易基因作为行业较早开展单细胞甲基化测序科研服务的企业,我们也接到了不少老师在数据分析方面的求助。在BS数据分析中,最常用的比对工具就是BSMAP和bismark。然后有小伙伴发现,明明之前用于常规BS-seq的流程用着都挺顺,到scBS-seq(single cell BS seq)数据的时候就不行了。数据...