中花11虽然有参考基因组应该精确度还是不够的,大家可以关注下中花11基因组(https://www.mbkbase.org/ZH11/),但还有25个Gaps。 日本晴源于日本杂交水稻,后引种中国,在中国山东省临沂、济宁、济南市等地均有种植,但是在南方基本没人种植。 日本晴测序最早,引用最为广泛,众所周知,测日本晴发表的数据库能增加
基因组改进: 利用PacBio HiFi读取产生更准确的基因组序列组装,包括所有染色体上的端粒区域(T2T),并添加了完全解析的单倍型。 注释比较分析: 对新基因组(UQ Nipponbare)和IRGSP-1.0参考基因组的注释进行比较,发现了3050个额外基因,其中超过95%有转录证据支持。 研究结果 基因组序列改进: 新的基因组组装比IRGSP-1.0参...
//char hg38filename[100]="E:\\GWAS\\hg38.fa"; char hg38filename[100]="E:\\GWAS\\日本晴GCA_034140825.1_ASM3414082v1_genomic.fna"; time_t time0, time1; double time1_0; time(&time0); Readhg38(hg38filename); cout << "2022.12.14 !\n" << endl; system("pause"); } 以下...
钱前院士在MOLECULAR PLANT杂志上发表文章，报道了完成的“水稻日本晴参考基因组的完整组装”。这个研究使用了高精度的测序技术，结合Hi-C和Illumina数据，成功构建了高质量的基因组组装体T2T-NIP/AGIS-1.0。相关数据库提供基因组注解等信息，供科研人员参考。然而，这一研究引发了一些思考。为何选择日本晴...
日本晴 （Nipponbare, Oryza sativa Japonica)Hind III 酶切位点 A|AGCTT 其中一个基因组序列比如：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AC121363.2 长度比较长，你可以自行截取部分序列出来。含有较多的Hind III 位点的部分。不知道是否是你想要的。
水稻日本晴和93-11基因组参考序列的质量分析
水稻日本晴完整参考基因组组装及应用系统是由商连光著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0360375,属于分类,想要查询更多关于水稻日本晴完整参考基因组组装及应用系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
相对于9311，日本晴基因组序列堪称完美，据说侧了8遍，我以前只遇到过个别碱基差异。不知道这次是为啥啊...
为了开展普通野生稻功能基因组学研究,本研究以测序粳稻日本晴(D. sativaL.subsp.japonica)为受体和轮回亲本,以两份多态性较好、 具有高度代表性的广西普通野生稻核心种质DPI5和DP30为供体,通过 连续回交和SSR(Simplesequencerepeats)标记辅助选择的方法构建普 ...
自己从日本晴中克隆出来的序列和日本晴基因组数据库中的序列差别很大？，请问大家有无遇到过这种情况？