新疆维吾尔自治区统计局的主要职能包括：领导和协调全区统计工作，确保统计数据的真实、准确和及时性。他们根据国家和自治区的法律、法规制定相关法规草案，监督法规的执行情况。负责国民经济核算体系的建立，实施全国统一的核算制度和调查，核算全区生产总值，提供国民经济核算资料，并指导各地州、市的核算工作。