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总体来说,不论是PacBio数据还是Nanopore数据, MECAT都比其他比对工具快很多(Table 1)。 在5组PacBio数据集(E. coli,Yeast,A. Thaliana,D. melanogaster,Human)序列比对中, MECAT比对速度更快,其中在Human大型基因组数据的比对中,MECAT alignment的比对速度是MHAP-fast的5倍,是DALIGNER的17倍。 在3组Nanopore数据...
默认输出的比对文件为SAM格式,为了节省磁盘空间,方便下游分析,可以通过outSAMtype参数指定输出bam文件,该参数有两个字段值,第一个值指定文件类型, 取值有SAM和BAM两种,第二个值指定是否排序,取值范围包括Unsorted, SortedByCoordinat...
基于这种场景有了今天要说的这个需求。 我这里是需求是去比较新旧数据的差异,所有会去获取注解值,按照自己的需要去嵌入就可以了。 我这里需要获取获取字段的Swagger注解值去存起来,没有需求的直接把相应的代码删除就好。 参考了之前一个大佬写的,因为之前的不支持嵌套对象,就扩展了一下,去递归调用。 对比工具类 pac...
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一就是零，零就是一，有即是空，空即是有，佛家所谓真空妙有。
百度试题 题目列举二代测序数据分析中经常使用的1种短序列比对工具 。相关知识点: 试题来源: 解析 tophat 反馈 收藏
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