后来永乐地设置了奴儿干都指挥使司负责管理它们。实际上奴儿干都司的情况长期不为外人所知。直到19世纪中叶俄国人别尔米金发现永宁寺碑并将其公之于众后,学术界才逐渐得以获知这一事实。其中原因可能是清朝官方为了否认自己的祖先世代定居的土地是曾为明朝所统治,故而删除了史料。