在进行基因组数据分析时,常常要用到基因组CDS和蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,用gffread提取时容易出问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。 Step1. 根据注释文件提取cds文件 得到的cds文件如下: step2. 将cds序列转换为蛋白序列 得到的protein文件如下: 仅供自己方便查阅...
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fa gffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fa gffread genome.gff3 -g genome.fa -w transcripts.fa 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=...
conda install gffread gffread test.gff3 -g genome.fa -x cds.fa -y protein.fa ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 2人点赞 日记本 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我" 赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 17号小行星南京农业大学,研究方向为叶绿体基因组,植物基因组及比较...
根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白,CDS,CDNA序列 TransDecoderhttps://github.com/TransDecoder/TransDecoder软件提供该脚本: /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 genome.final.gff3 --fasta ../genome.fa --seqType cDNA >cdna.fa /share/work/biosoft/TransDecoder/l...
用tbtools从全基因组提出cds序列为什么是空白的 只看楼主收藏回复 hameceeeiiiood 初级粉丝 1 送TA礼物 1楼2023-05-14 07:49回复 登录百度帐号 下次自动登录 忘记密码? 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息处理公示0...
这个需要自己编写代码完成：perl或者python都可以
格式和内容没错的话，ID和进化树的ID是对应的么。。。