genbank 文件中的的 CDS 对应的区域一般都会有 1 个 gene 的注释,本次脚本提取 CDS 的原理就是基于这个 gene 注释,如果 CDS 中 gene 名称等于我们输入的基因名称,就把这个 CDS 对应的核酸序列提取出来,最后保存为 fasta 文件。 提取新冠病毒 S 蛋白基因序列:因为脚本里直接包装成了 1 个函数,所以需要调用函数...
然后提取序列。这里用到了bedtools工具,官方有提供编译好的二进制文件,下载下来即可使用。 # -name: 输出基因名字(bed文件的第四列) # -s: 考虑到正反链(对于启动子区域,是否考虑链的信息关系不太大) bedtools getfasta -name -s -fi GRCh38.fa -bed GRCh38.promoter.bed >GRCh38.promoter.fa 序列信息如...
首先使用SeqIO.read()函数读取参考基因组序列文件，然后定义目标基因的名称及其起始和终止位置。接着，利...
3.提取基因组中的一段序列 比如我只想提取一号染色体上的10000-50000这一段序列。 首先建立索引。 samtools faidx IRGSP-1.0_genome.fasta 然后根据染色体信息和物理位置直接提取。这里注意,如何要和目的4连用的话,要修改>后面的值与gff文件一致才可以。
21-有参转录组实战7-基因序列提取 #本教程仿自于“https://zhuanlan.zhihu.com/p/439168788”。#正则表达式教程https://www.runoob.com/regexp/regexp-tutorial.html。#1,提取转录本 gffread Ptri_genome.gtf-g Ptri_genome.fa -w Ptri.transcripts.fa...
Sequence这个插件，不仅可以提取序列带有原来的基因名，还可以统计序列GC含量和length，输出经过排序的序列...
不想理解代码,建议用TBtools,这软件在提取序列上还是很好用的。 #Ptri.transcripts.fa#转录本 #Ptri.cds.fa#CDS#Ptri.protein.fa#蛋白 #Ptri_chr.size#染色体长度 #Ptri.promoter.fa#启动子 #Ptri_gene.bed#基因的位置信息 #Ptri_gene.gene.fa#基因序列...
首先来看一下seqkit使用方法,该软件的功能很多(可使用seqkit -h来查看全部可用命令),提取序列使用的是subseq子命令,该命令可以根据bed、gtf、region位置信息从fasta文件中提取基因序列,并且可以扩展两侧的序列,具体代码如下: Usage:seqkit subseq[flags]Flags:--bedstringby tab-delimitedBEDfile--chr stringsselectlimite...
而林胜,意外获得了提取生命基因的超越SSS级天赋-序列提取! 可以提取各种生物的血脉、技能、优点、进化路线,集百家之长! 于是,林胜开启了造神之路。 头似驼,角似鹿,眼似兔,耳似牛,项似蛇,腹似蜃,鳞似鲤,爪似鹰,掌似虎,是为龙! 当这样一条生物出现在众人眼前。 林胜只能无奈解释道。 “真不是龙,只是...
提取基因间隔序列,需要以下步骤: 确定需要提取的基因和它们在染色体上的位置。 找到相应的染色体,并定位到起始位置。 根据起始位置和终止位置的坐标,提取这段染色体上的DNA序列。 将这段DNA序列翻译成氨基酸序列,得到对应的蛋白质序列。 以上步骤完成后,就可以得到基因间隔序列了。