原作者将该方法的详细版本发表在Bio-protocol期刊,欢迎大家进入Bio-protocol期刊直接与作者交流。 简介 在这篇Bio-protocol文章中,来自比利时微生物和植物遗传研究中心(CMPG)和法国巴黎-萨科莱植物科学研究所(IPS2)的科研人员共同为我们阐述了一种高度稳定的、在拟南芥植株中进行组蛋白修饰的ChIP-seq方法。 亮点 1. ...
五、ChIP-seq及相关实验证明bHLH60与PIF7共同调控靶标基因的表达 1)作者通过ChIP-seq鉴定出PIF7和bHLH60共同结合的靶标基因(下左图),motif分析显示二者具有相似的DNA结合序列(下右图)。 2)ChIP-seq peak分析显示PIF7和bHLH60的peak分布占比(下图F和...
生信分析:NG-拟南芥雄配子发生-ChIP-seq数据分析 前一篇推送已经与大家分享了近期吴柘团队发表在NG上的拟南芥雄配子发生过程染色质特征的文章。 这篇文章涉及的数据有ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq,分析上整体不是特别复杂,但是对于H3K4me3和H3K27me3两种组蛋白修饰的ChIP-seq分析还是比较经典,而且作者在github上(https...
在拟南芥中，光敏色素互作因子7（PIF7）是SAS的主要转录调节因子，但其如何调控基因表达尚不完全清楚。本研究表明PIF7直接与组蛋白伴侣抗沉默因子1(ASF1) 相互作用。ASF1缺失的asf1ab突变体表现出有缺陷遮荫诱导的下胚轴伸长。组蛋白调节同源物A(HIRA)参与SAS，并介导H3.3变体在染色质中沉积。RNA/ChIP-seq分析确...
在拟南芥中,光敏色素互作因子7(PIF7)是SAS的主要转录调节因子,但其如何调控基因表达尚不完全清楚。本研究表明PIF7直接与组蛋白伴侣抗沉默因子1(ASF1) 相互作用。ASF1缺失的asf1ab突变体表现出有缺陷遮荫诱导的下胚轴伸长。组蛋白调节同源物A(HIRA)参与SAS,并介导H3.3变体在染色质中沉积。RNA/ChIP-seq分析确定了...
在拟南芥中,光敏色素互作因子7(PIF7)是SAS的主要转录调节因子,但其如何调控基因表达尚不完全清楚。本研究表明PIF7直接与组蛋白伴侣抗沉默因子1(ASF1) 相互作用。ASF1缺失的asf1ab突变体表现出有缺陷遮荫诱导的下胚轴伸长。组蛋白调节同源物A(HIRA)参与SAS,并介导H3.3变体在染色质中沉积。RNA/ChIP-seq分析确定了...
研究者发现乙烯可以诱导拟南芥黄化苗发生组蛋白修饰H3K14Ac和H3K23Ac,同时伴随一些基因的活化。为了评估在乙烯刺激之后H3K9, H3K14, and H3K23乙酰化的作用,研究者使用了野生型(Col-0)和乙烯反应突变体(ein2-5)的幼苗,探究了乙烯是如何影响乙酰化的,以及比较了相关基因的表达量。