这篇文章介绍了QHistone数据库,它是一个关于拟南芥中组蛋白修饰的预测性数据库。该数据库包含了大量的ChIP-seq数据,并且提供了三个主要功能:预测特定蛋白质的表观基因组档案,推断其在转录调控中的作用;比较两个蛋白质的表观基因组图谱,预测它们之间可能的协同调控活动;以及通过筛选所有已知蛋白质来发现以前未被探索的...
最近读了一篇eLife的文章,叫“A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity”,里面介绍了一种在拟南芥中进行组蛋白修饰的ChIP-seq方法。这个方法已经在Bio-protocol期刊上发表了详细版本,真是干货满满!亮点亮点✨ 这个方法不仅稳定性高,还用了自制的缓冲液,既便宜又好用。跟...
原作者将该方法的详细版本发表在Bio-protocol期刊,欢迎大家进入Bio-protocol期刊直接与作者交流。 简介 在这篇Bio-protocol文章中,来自比利时微生物和植物遗传研究中心(CMPG)和法国巴黎-萨科莱植物科学研究所(IPS2)的科研人员共同为我们阐述了一种高度稳定的、在拟南芥植株中进行组蛋白修饰的ChIP-seq方法。 亮点 1. ...
五、ChIP-seq及相关实验证明bHLH60与PIF7共同调控靶标基因的表达 1)作者通过ChIP-seq鉴定出PIF7和bHLH60共同结合的靶标基因(下左图),motif分析显示二者具有相似的DNA结合序列(下右图)。 2)ChIP-seq peak分析显示PIF7和bHLH60的peak分布占比(下图F和...
前一篇推送已经与大家分享了近期吴柘团队发表在NG上的拟南芥雄配子发生过程染色质特征的文章。 这篇文章涉及的数据有ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq,分析上整体不是特别复杂,但是对于H3K4me3和H3K27me3两种组蛋白修饰的ChIP-seq分析还是比较经典,而且作者在github上(https://github.com/Blairewen/Arabidopsis-Pollen )提...
在拟南芥中，光敏色素互作因子7（PIF7）是SAS的主要转录调节因子，但其如何调控基因表达尚不完全清楚。本研究表明PIF7直接与组蛋白伴侣抗沉默因子1(ASF1) 相互作用。ASF1缺失的asf1ab突变体表现出有缺陷遮荫诱导的下胚轴伸长。组蛋白调节同源物A(HIRA)参与SAS，并介导H3.3变体在染色质中沉积。RNA/ChIP-seq分析...
在拟南芥中,光敏色素互作因子7(PIF7)是SAS的主要转录调节因子,但其如何调控基因表达尚不完全清楚。本研究表明PIF7直接与组蛋白伴侣抗沉默因子1(ASF1) 相互作用。ASF1缺失的asf1ab突变体表现出有缺陷遮荫诱导的下胚轴伸长。组蛋白调节同源物A(HIRA)参与SAS,并介导H3.3变体在染色质中沉积。RNA/ChIP-seq分析确定了...
关于ChIP-seq拟南芥核提取问题请教各位虫友: 大家好!我最近在做拟南芥的chip-seq,但遇到一些问题,一直想不清楚。在我超声后去电泳检测超声效果的时候,发现我的条带都是一条100bp左右的带(第二幅图,左边第一个是未超声的,后两个是超声的,marker由下到上是100bp、250bp、500bp、750bp),而我昨天又做了一次,...
研究者发现乙烯可以诱导拟南芥黄化苗发生组蛋白修饰H3K14Ac和H3K23Ac,同时伴随一些基因的活化。为了评估在乙烯刺激之后H3K9, H3K14, and H3K23乙酰化的作用,研究者使用了野生型(Col-0)和乙烯反应突变体(ein2-5)的幼苗,探究了乙烯是如何影响乙酰化的,以及比较了相关基因的表达量。