使用拟南芥数据库的主要原因包括:易用性、全面性、研究价值。拟南芥(Arabidopsis thaliana)是植物生物学中最重要的模式生物之一。作为一种小型二年生草本植物,它具有基因组小、生命周期短、易于培养和遗传操纵等特点,使其成为研究植物基因功能和调控机制的理想材料。拟南芥数据库集成了大量的基因组、转录组、蛋白质组和表...
拟南芥数据库不仅存储了实验结果,还提供了相关的实验设计和方法,使得其他研究者能够在相似条件下重复实验,从而验证结果的可靠性。 3.社区支持与协作 拟南芥数据库背后有一个活跃的研究社区,研究人员可以通过数据库与其他科学家进行交流与合作。数据库提供了论坛和交流平台,允许研究人员分享他们的发现、提出问题和获取建议。
拟南芥(Arabidopsis thaliana)是植物科学研究中的一种模式生物,因其基因组小、生命周期短、种子数量多等特点被广泛研究,拟南芥数据库(The Arabidopsis Information Resource, TAIR)是一个专注于拟南芥遗传学和分子生物学数据的在线数据库,为研究人员提供关于拟南芥基因、蛋白质、表型、文献等的详尽信息。 TAIR 数据库包含以...
seqViewer——TAIR拟南芥数据库使用指南(二) http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0OTA0MTQ4MA==&mid=2247483802&idx=1&sn=40585bad8b4db32d360ec1a3e1075764&chksm=fbb4a5bdccc32cab802d9dd484e6c44d1d29705fda280eea192130dbc93fa21653f7f4936d0d&mpshare=1&scene=23&srcid=0427ihxcBDdjpwUjQ4yBJ...
TAIR拟南芥数据库使用指南(一) 接下来是关于gene表达谱,严格意义上来说,其实已经是一个外链的网站。 想知道拟南芥中的基因的组织表达特异性,你需要下面这个工具(其实其他很多植物也有类似的工具,下面我们会提到～) Arabidopsis eFP Browser 1、通过拟南芥TAIR官网搜索gene后(具体操作见前面的链接),可以直接链接到eFP Br...
TAIR拟南芥数据库使用指南(一) 接下来是关于gene表达谱,严格意义上来说,其实已经是一个外链的网站。 想知道拟南芥中的基因的组织表达特异性,你需要下面这个工具(其实其他很多植物也有类似的工具,下面我们会提到～) Arabidopsis eFP Browser 1、通过拟南芥TAIR官网搜索gene后(具体操作见前面的链接),可以直接链接到eFP Br...
研究者还开发了基于互动网络的数据库:拟南芥 GLIMtools (http://www.personal.psu.edu/sma3/CLIMtools.html),方便广大研究者查询并分析这个研究获得的环境变量数据、表型数据、基因组数据以及三者之间的相关性数据,具有重要的应用价值。 Sarah M. Assmann教授及同事首先调查了植物生长的各种环境变化,并设定了一系列...
不过我为什么会花时间写拟南芥教程呢? 1 首先加载必要的包 代码语言:javascript 复制 library(ggplot2)library(stringr)#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("clusterProfiler")#biocLite("org.At.tair.db")library(clusterProfiler)library(org.At.tair.db) ...
TAIR是研究拟南芥的首选数据库,其他数据库中拟南芥的基因组数据都是直接来自TAIR,比如上面提到的后面两个,还有Phytozome都直接提到了基因组数据均来自TAIR。从TAIR的FTP下载到基因组注释文件,更新的时间是2010/12/14,目前版本是感觉有点老了,不知道哪里有最新更新版本的注释文件。