此外，以猕猴桃21号染色体上的patatin基因簇为例，探索TAD-like结构域在不同物种间的保守性，发现在猕猴桃属其他物种如软枣猕猴桃（Actinidia arguta）和阔叶猕猴桃（Actinidia latifolia）及其近缘物种黄花杜鹃（Rhododendron molle）和葡萄（Vitis vinifera）中，同源的patatin基因簇也都折叠成类似的染色质结构域（图4）。...
在哺乳动物细胞核中,染色体通过复杂的折叠形成三维基因组结构,而拓扑相关结构域(TADs)是其关键特征之一,这些结构在细胞发育与疾病发生中发挥着重要作用。然而,如何精准检测TAD仍然是一个亟待解决的挑战。尽管已经提出多种检测方法,但由于背...
在细胞间期,染色质丝在细胞核内的组织结构遵循一个基本原则——区室化。在此基础上,condensin II帮助各条染色体盘踞形成染色体疆域(chromosome territory);而cohesin则在DNA上滑动,挤出染色质环,并与CTCF蛋白共同介导形成染色质拓扑结构域(...
中文译作拓扑关联结构域,是一种首先在哺乳动物细胞中发现的染色质结构单元,对应的文章发表在nature上,文章标题如下 Topological Domains in Mammalian Genomes Identified by Analysis of Chromatin Interactions pubmed的链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3356448/ 将Hi-C基因组互作图谱的分辨率提...
在三维基因组的研究当中,基因组折叠形成的拓扑结构域(topologically-associating domains ,TADs),在很多生物学过程如细胞分化、转录调控、基因组复制及DNA修复中有着重要的作用。Hi-C 能够帮助我们找到在三维空间内距离相近,有相互作用的DNA区域,通过合适的算法我们可以通过这些区域的位置信息,找到基因组中的TADs。关注...
常见的网络拓扑结构主要包括星型、环型、总线型、网状型和树型等。星型拓扑结构以中央节点为中心，各节点直接与之相连，结构简单，易于管理和维护，但中心节点故障会影响整个网络。环型拓扑结构节点间首尾相连形成闭合环路，数据传输单一方向，可靠性较高，但扩展性差，任一节点故障可能导致网络瘫痪。总线型...
1. 星型拓扑结构以中心节点为核心，其他节点直接与之相连。这种结构简单易建，便于管理，且扩展性好，但中心节点的依赖性强，一旦中心节点出现故障，整个网络可能瘫痪。例如，小型企业网络中的计算机都连接到中心交换机上。2. 环型拓扑结构中，各节点通过环路接口连在一条闭合环形通信线路中，任何节点均可...
最后,染色质拓扑相关结构域的研究对于理解疾病的发生和发展具有重要意义。许多疾病,如肿瘤和神经退行性疾病,与染色质结构和功能的异常有关。因此,深入研究染色质拓扑相关结构域可以为疾病的治疗和预防提供重要的理论基础。 总之,染色质拓扑相关结构域是细胞核内对染色质结构和功能具有重要影响的一系列结构域。对这些结构...
(2-1)建立MC、DIE的拓扑结构;初始化root domain if (alloc_state != sa_rootdomain) goto error; tl_asym = asym_cpu_capacity_level(cpu_map); //(2-2)获取包含max cpu capacity的最浅level:DIE level /* Set up domains for CPUs specified by the cpu_map: */ //根据cpu map建立调度域 for_...
该研究通过整合来自不同基因组大小和系统发育背景物种的Hi-C数据,主要有三点发现:1. 基因组大小显著影响大尺度染色体构象及详细的compartment模式,这些模式以GGL的存在为特征;2. 该研究鉴定了一种由TDGCs组成的新型染色质结构域。这类TAD-like结构域在进化上具有保守性,并且区别于传统的compartment或loop domain;3....