此外，以猕猴桃21号染色体上的patatin基因簇为例，探索TAD-like结构域在不同物种间的保守性，发现在猕猴桃属其他物种如软枣猕猴桃（Actinidia arguta）和阔叶猕猴桃（Actinidia latifolia）及其近缘物种黄花杜鹃（Rhododendron molle）和葡萄（Vitis vinifera）中，同源的patatin基因簇也都折叠成类
中文译作拓扑关联结构域,是一种首先在哺乳动物细胞中发现的染色质结构单元,对应的文章发表在nature上,文章标题如下 Topological Domains in Mammalian Genomes Identified by Analysis of Chromatin Interactions pubmed的链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3356448/ 将Hi-C基因组互作图谱的分辨率提...
在细胞间期,染色质丝在细胞核内的组织结构遵循一个基本原则——区室化。在此基础上,condensin II帮助各条染色体盘踞形成染色体疆域(chromosome territory);而cohesin则在DNA上滑动,挤出染色质环,并与CTCF蛋白共同介导形成染色质拓扑结构域(...
2024年12月2日,中国科学院深圳先进技术研究院资治科团队联合华中农业大学李立团队,在 Genome Biology 期刊发表了题为:HTAD: a human-in-the-loop framework for supervised chromatin domain detection的研究论文。 该研究开发了一种基于“...
该研究揭示了植物染色体Rabl构型的产生规律,并发现一类由串联重复基因簇(TDGCs)形成的TAD-like结构域参与了植物基因组进化。为了探索植物基因组折叠原则及其生物学功能,该研究构建并分析了来自不同基因组大小和系统发育背景的多个植物的三维基因组结构。研究结果表明,植物中Rabl构型的存在与基因组大小相关,并伴随有独特的...
拓扑结构域(Topologically associating domains,TADs)是基因组织基本单位【1】。CTCF蛋白做为基因组边界,黏连蛋白折叠形成TADs结构。除了TADs外,染色体组成广泛的转录活性区以及非活性区,被分别称为A区室以及B区室。但是更高阶的、更长距离的基因组环是如何调控基因表达并参与神经系统发育的还不得而知。
基因组三维结构为基因表达提供了物理平台,其动态调整确保了细胞在不同发育阶段和功能状态下能够精准执行生物学任务。研究发现,在真核细胞的间期细胞核中,基因组三维结构的单元是拓扑关联结构域 (Topologically Associating Domains,TADs ) 。TADs一般覆盖千到百万碱基的染色质区域,其内部具有较强的相互作用,而边界区域则...
在这个细胞城市里，DNA就像是一条条长长的街道，贯穿整个城城市。拓扑相关结构域就是街道上划分出来的不同区域。这些区域内内的DNA片段会经常相互作用，就好像社区里的居民经常串门、交流流一样。它们彼此之间关系密切，一起完成各种重要的任务。 比如说，有些拓扑相关结构域就像是城市里的商业区，里面集中中了很多...
在三维基因组的研究当中,基因组折叠形成的拓扑结构域(topologically-associating domains ,TADs),在很多生物学过程如细胞分化、转录调控、基因组复制及DNA修复中有着重要的作用。 Hi-C 能够帮助我们找到在三维空间内距离相近,有相互作用的DNA区域,通过合适的算法我们可以通过这些区域的位置信息,找到基因组中的TADs。 tad...
在细胞间期,染色质丝在细胞核内的组织结构遵循一个基本原则——区室化。在此基础上,condensinII帮助各条染色体盘踞形成染色体疆域(chromosome territory);而cohesin 则在DNA上滑动,挤出染色质环,并与CTCF蛋白共同介导形成染色质拓扑结构域(TADs)。目前,植物领域对染色质高级结构的研究存在着两个主要问题:1. 不同植物...