2 R语言实现抽平分析的方法 R语言实现抽平分析的方法,我所掌握的是两种,一种是使用vegan包,另一种是phyloseq包。 2.1 OTU表数据格式 这里我们提供一组数据,分别为16个样本的OTU数据,大家有需要可以去我的gitee获取该数据,可以给我留言。 2.2 vegan包实现抽平分析的方法 #首先我们需要加载vegan包 library(vegan...
OTU表要不要抽平 对样品OUT抽平是为了让各样品的序列数保持一致,便于在同一标准上对各样品进行Alpha多样性分析等,保证有可比性。 Diversity parameters were estimated from OTU and functional gene matrices that were rarefied to an equal number per sample to reduce the effect of variation in sequencing depth...
抽平和标准化后的数据都可以直接用于alpha和β多样性分析
本次的抽平的otu数目是50000,有四个样本的OTU数目没有50000,所以抽平之时会将这四个样本删除,有22个OTU抽平之后的总丰度为0,所以将这OTU删除 3.使用R语言检验数据是否进行抽平 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 加载R包suppressPackageStartupMessages(library(dplyr))suppressPackageStartupMessa...
OTU表中记录了不同样本中各个微生物OTU的丰度信息,是进行多样性分析的基础数据。由于不同样本的DNA提取和测序深度不同,OTU表中的丰度信息会出现偏差,影响多样性分析的准确性。需要对OTU表进行抽平和标准化处理。 抽平是指将不同样本的OTU表中的丰度信息调整到相同的测序深度,以消除测序深度对多样性分析结果的影响。
扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式 简介:A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the smallest value) should be performed firstly for downstream analysis. 扩增子测序拿到OTU表之后通常会被要求进行抽平处理,这样去进行后续比较分析,测序量一致后续分析比较才有意义,...
USEARCH11新功能——OTU表抽平otutab_rare 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 /usearch/manual/cmd_otutab_rare.html 稀疏、抽平 otutab_rare 抽样OTU比至某个指定数据量,方便比较Alpha多样性,对于抽平后的OTU表,会自动删除不满足样本量的样品,还会去除全为零的OTUs...
经过过滤低丰度和低共有OTU后，还需要抽平一次吗？过滤这一步是在抽平之前过滤
可以发给我我帮你抽 发自小木虫IOS客户端
扩增子测序拿到OTU表之后通常会被要求进行抽平处理,这样去进行后续比较分析,测序量一致后续分析比较才有意义,但是这种方式的缺陷在于当样品测序量相差比较大时候,会造成数据的极大浪费,假设样品A测序量为3万条reads,样品B测序量10万条,抽平后样品B就会浪费7万条reads,当然抽平并不是唯一的解决途径,文献中也有通过像De...