差异蛋白质指在不同生物状态或条件下表达量存在显著变化的蛋白质。例如，疾病患者与健康人之间、药物处理前后、不同发育阶段的细胞中，都可能出现这类蛋白质。寻找差异蛋白质是疾病机制研究、药物靶点筛选、生物标记物发现的关键步骤，尤其在癌症、神经退行性疾病等领域应用广泛。寻找差异蛋白质需要结合实验技术和数据分析。常用方法
蛋白质组分析平台:Label-free、iTRAQ/TMT、SILAC、SWATH、MRM;蛋白质定性定量鉴定、蛋白质差异分析等; 代谢组分析平台:靶向代谢组学、非靶向代谢组学、脂质组学分析;通量达1000种代谢分子、代谢通路分析、代谢靶标鉴定; 蛋白质从头测序平台: Obitrap FusionLumos质谱仪、PEAKS软件分析;100%序列测定,精准蛋白、多肽、抗...
在选择差异通路和蛋白时,我们可以根据通路找蛋白也可以根据蛋白找通路,同时我们可以使用Gene Ontology(GO)进行分析。 一、根据通路找蛋白还是根据蛋白找通路? 1、根据通路找蛋白 当我们已经知道某个通路在特定条件下发生了变化,我们可以通过蛋白组学技术来寻找与该通路相关的差异表达蛋白。这可以通过比较不同条件下的蛋白...
只用差异富集找蛋白做麻了,来点更6的方法 蛋白组找biomarker常用的差异分析是根据检验p value和差异倍数FC大小筛选显著变化的DEPs;差异富集分析是结合GO和KEGG数据库挑选DEPs显著富集到的pathway,最终的目标蛋白诞生于最重要的pathway中变化最最大的DEPs,这是蛋白组分析的核心,但如果千篇一律的用来发文,就容易审美疲劳...
如何快速可靠地找到差异蛋白质
选择GO/KEGG富集到的差异蛋白 如果没有特别感兴趣的蛋白,可以重点关注GO和KEGG富集到的相关条目/通路涉及的差异蛋白,这种蛋白可能对实验处理最敏感,最相关,分析起来也更有意义。 攻略3 选择有文献支持的蛋白 有文献报道的蛋白更容易讲故事展开讨论,如果发现文献中还有描述与筛选到的差异蛋白一致的表达趋势,那就赶紧把...
GSEA(Gene Set Enrichment Analysis,基因富集分析)是一种基于基因集的富集分析方法,使用预定义的基因/蛋白质集,将基因/蛋白质按照在两类样本中的差异表达程序排序,检验预先设定的基因/蛋白质集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。 WGCNA(Weighted Gene Co-ExpressionNetwork Analysis,加权基因共表达网络分析)是一种...
这样卡出来的蛋白就是差异蛋白，这些蛋白去做go，你才能找出差异通路Profilin 1(PFN1)是一种肌动蛋白...
，可以看出生物学样品之间的重复性，然后可以挑点送质谱测序（一个点200元以上)。剩下的蛋白样品也可...
抠出那些差异点，去打质谱，看看那些点是什么蛋白。然后再克隆哪些基因，做lose function和gain function的实验，确定这些基因的作用。