基因表达矩阵 All_mRNA_FPKM.csv 样本分组信息 sample_index.csv 数据处理 # 导入数据并添加分组信息mRNA<-read.csv("All_mRNA_FPKM.csv",header=T,row.names=1)exp<-log2(mRNA+1)bar_mat<-t(exp)anno<-read.csv("sample_index.csv",header=T,row.names=1)anno$type2<-anno$Typeanno <- anno[row...
批量绘制箱线图+散点+差异分析。
跟着Cell 学作图 | 箱线图+散点(组间+组内差异分析) 复现结果 row1 all 示例数据和代码领取 详见: 绘图 # loda data ana preprocess mRNA <- read.csv("All_mRNA_FPKM.csv",header=T,row.names=1) #log2 bar_mat <- t(log2(mRNA+1)) # group info anno <- read.csv("sample_index.csv",he...
关于此类箱线图在之前的文章(跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验)里已经讲过了,今天主要是多了一个批量的绘制。因为这篇文献公布了部分代码(https://github.com/DongshengChen-TY/COVID19),所以这篇推文就以这个代码为蓝本,进行一定的简化。所谓,一千个人里有一千个哈姆雷特,同样的分析往往会...
因为这篇文献公布了部分代码(https://github.com/DongshengChen-TY/COVID19),所以这篇推文就以这个代码为蓝本,进行一定的简化。所谓,一千个人里有一千个哈姆雷特,同样的分析往往会有不同的思路。读别人代码是一个提升自己语言能力的一个很好的办法,如果...
前言 关于此类箱线图在之前的文章(跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验 示例数据及作图前准备 基因表达矩阵 All_mRNA_FPKM.csv 样本分组信息 sample_index.csv 数据处理 # 导入数据并添加分组信息mRNA<-read.csv("All_mRNA_FPKM.csv",header=T,row.names=1)exp<-log2(mRNA+1)bar_mat<-...
跟着Cell 学作图 | 箱线图+散点(组间+组内差异分析) 复现结果 row1 all 绘图 # loda data ana preprocessmRNA <- read.csv("All_mRNA_FPKM.csv",header=T,row.names=1)#log2bar_mat <- t(log2(mRNA+1))# group infoanno <- read.csv("sample_index.csv",header=T,row.names=1)anno$type2...