简单翻译一下的话,就是: 批次效应是在进行实验的时候附带产生了和实验结果没有关系的数据偏差。例如, 1. 一组实验在星期一进行一次而另一组在星期二进行, 2. 两名技术人员进行相同的实验, 3. 实验当中使用了两种不同批次的试剂、芯片或仪器 以上这些都有可能产生批次效应则可能会出现批次效应。 如何检测批次效...
通过主成分分析PCA查看有无批次效应的影响。如下左图,样品在PC1和PC2组成的空间中按数据集而非样本类型聚在一起,表示数据来源对样本检测结果的影响超出了样本类型的影响,提示存在批次效应。如右图,批次效应移除后,在PC1轴上样品基本按正常-癌旁-肿瘤分布,表示当前样品差异的主要影响因素是样本类型。这时可以绘制样品...
批次效应是实验或生产过程中由非生物学因素引起的系统性数据偏差,可能掩盖真实的生物学差异并降低结果可靠性。其识别和消除需结合可视化分析、统计
批次效应的存在可能对数据分析和解释产生负面影响,因此我们在进行分析时,特别是在高通量实验中,及时鉴定和处理批次效应是非常重要的! 批次效应的影响 批次效应可能对实验结果产生多方面的影响,其中一些主要的影响包括: 引入系统性误差:批次效应可能引入实验中的系统性误差,使得测量结果在不同批次之间产生偏差。这会导致对...
在分子生物学中,批次效应指的是实验中的非生物因素导致实验产生的数据发生变化。这些影响可能会在与实验结果相关的一个或多个观测指标上导致不准确的结论。 在许多高通量测序实验中都会出现批次效应,包括使用微阵列、质谱仪以及单细胞 RNA 测序数据的实验。 文献中对于"批次效应"一词提出了多种定义。Lazar 等人(2013...
批次效应是指样本收集差异、实验前处理不连贯、仪器状态稳定性等因素引起的检测数据的不必要的波动,产生的与生物学差异无关的差异。批次效应会影响数据分析结果的可重复性,导致分析结果不准确。 2.如何减少批次效应 ⚫ 所有样本尽可能同一批上机检测,减少间隔时间; ...
图 1：质谱成像中的批次效应 批次效应可以在像素（pixel）、切片（section）、载玻片（slide）、时间（time）和位置（location）等不同层次上表现出来。质谱成像在不同层次上的批次效应 1、质谱成像在像素层次上的批次效应 在质谱成像中，数据集是从组织切片的不同位置获取的质谱集合。图 2 展示了在像素、区域、...
高通量的检测技术有时会带来一些系统性误差,例如“批次效应(Batch Effect)”,因此研究人员在开始代谢组学数据分析之前通常需要对数据进行考察,必要时通过数据处理来消除其对数据分析结果的潜在影响。本期内容由脉图研发部门分享代谢组学生物信息分析技术中关于“批次效应”的相关知识,欢迎持续关注“脉图健康”,更多精彩陆...
批次效应在分子生物学实验中指实验中的非生物因素导致的数据变化，影响实验结果的准确性。批次效应常见于高通量测序实验，如微阵列、质谱仪及单细胞 RNA 测序。Lazar等人定义批次效应为样本在不同批次处理和测量时产生的系统性技术差异，与实验期间的生物学变异无关。技术差异分为实验因素与批次效应。实验因素...
Harmony 是一种用于单细胞 RNA-测序数据 (scRNA-seq) 的批次效应修正方法。由于它是在单细胞转录组学中使用的,小果简要概括一下它的工作原理。 • 首先,使用主成分分析(PCA)将细胞嵌入到低维空间中。 • 然后,使用模糊聚类将每个细胞分配到多个聚类中,同时使用一个惩罚项来最大化每个聚类内数据集的多样性。