冗余分析(Redundancy analysis,RDA)是微生物生态领域常用的分析手段,可用于研究微生物群落结构对环境变化的响应,相信此类专业的老师和同学一定不陌生,我们挑选了iMeta期刊上发表的来自中国农业大学李季老师团队的论文Tomato Microbiome under Long-term Organic and Conventional Farming,该研究对番茄内生细菌群落的变化及其影...
原⽂地址：微⽣物多样性分析中物种与环境因⼦相关性分析（RDACCA）作者：fanyucai 1:多元统计分析是群落⽣态学常⽤的分析⽅法，排序是多元统计最常⽤的⽅法之⼀。排序可以排列物种及环境因素，⽤于研究群落之间，群落于环境之间的复杂关系。只使⽤物种组成数据的排序称作间接排序，同时使⽤物种和...
data("varespec", package = "vegan") #计算 Mantel 相关性 #通过 spec_select 指定数据组范围,例如这个示例数据中,微生物矩阵的第1-22列是物种丰度数据(指定名称 Taxonomy), #第23-40列是基因丰度数据(指定名称 Function) #默认情况下,对 spec 计算 Bray-Curtis 距离,对 env 计算 Euclidean 距离,然后计算...
微生物多样性分析中物种与环境因子相关性分析(RDA\CCA):1: 多元统计分析是群落生态学常用的分析方法,排序是多元统计最常用的方法之一。排序可以排列物种及环境因素,用于研究群落之间,群落...文字版>> http:...
在宏基因组研究中,环境因子分析可以预测微生物群落的功能与生态机制,筛选环境检测或疾病诊断的标志微生物与功能群,进而为环境安全或宿主健康进行风险预测。然而,环境因子与微生物的关联分析点众多,不仅需要筛选环境因子,还需要从群落到特定微生物群层层分析才能逐步找出关键环境因子与微生物Biomarker,就像游戏中的层层关卡,...
微生物多样性变性梯度凝胶电泳为评价东江流域农村饮用水源中微生物多样性及其与环境因子的相关性,分别采集了集中式供水井,塘坝型水井,猪场附近水井,普通村落水井,水库水5种水样,进行基因组总DNA的提取和主要理化指标的测定,运用DGGE技术分析各水样总DNA的PCR产物.UPGMA聚类分析DGGE指纹图谱结果表明,相同类型水样的微生物...
a摘要:为了分析杭州北郊不同河湾环境中微生物多样性及其与环境因子的相关性,分别采集了杭州钢铁集团公司附近的工业用水、京杭大运河北星桥段支流的生活用水、杭州半山附近龙山水库的天然水源,分别编号HG、YH、LS。并进行水体主要理化指标的测定和微生物培养,对培养的微生物仔细观察显示,微生物种类最丰富的为HG,其次为...
·g~(-1),AOB/AOA的比值为12.36.相关分析显示,氨氧化微生物的群落结构和丰度与电导率(EC),有机质(OM),速效氮(AN),氨氮(NH_4~+-N)和总氮(TN)等环境因子显著相关.这些结果表明,根际土壤中AOB的群落多样性高于AOA,根际和非根际土壤中AOB的丰度均高于AOA,说明在艾比湖湿地AOB是氨氧化微生物的优势种群,且...
在宏基因组研究中,环境因子分析可以预测微生物群落的功能与生态机制,筛选环境检测或疾病诊断的标志微生物与功能群,进而为环境安全或宿主健康进行风险预测。然而,环境因子与微生物的关联分析点众多,不仅需要筛选环境因子,还需要从群落到特定微生物群层层分析才能逐步找出关键环境因子与微生物Biomarker,就像游戏中的层层关卡,...
摘要:为了分析杭州北郊不同河湾环境中微生物多样性及其与环境因子的相关性,分别采集了杭州钢铁集团公司附近的工业用水、京杭大运河北星桥段支流的生活用水、杭州半山附近龙山水库的天然水源,分别编号HG、YH、LS。并进行水体主要理化指标的测定和微生物培养,对培养的微生物仔细观察显示,微生物种类最丰富的为HG,其次为...