设计引物最好使用的数据库包括NCBI(国家生物技术信息中心)数据库、EMBL(欧洲分子生物学实验室)数据库、DDBJ(DNA数据银行)数据库、UCSC(加利福尼亚大学圣克鲁兹分校)基因组浏览器数据库、Ensembl数据库等。在这些数据库中,NCBI数据库的使用最为广泛,因为其包含了大量的生物序列信息,而且更新频繁,可以获取最新的基因信息
高质量的引物设计对于所有基于聚合酶链反应(PCR)的实验的成功至关重要。研究之前建立了一个基于热力学的基因特异性定量PCR (qPCR)引物数据库，用于147个生物的基因表达研究。然而，数据库中生物的数量和功能的不完善限制了其潜在的应用。2024年8月9日，西南大学卢坤、李田、张凯在Nucleic Acids Research 在线发表题为...
高质量的引物设计对于所有基于聚合酶链反应(PCR)的实验的成功至关重要。研究之前建立了一个基于热力学的基因特异性定量PCR (qPCR)引物数据库,用于147个生物的基因表达研究。然而,数据库中生物的数量和功能的不完善限制了其潜在的应用。 2024年8月9日,西南大学卢坤、李田、张凯在Nucleic Acids Research 在线发表题为...
数据库介绍总结:前面提到LncRNA的qPCR引物设计相比与编码基因确实要难,其原因就体现在LncRNA的数据库是在太多,而我们设计得到的qPCR引物通常都需要进行引物特异性比对,最好用的莫过于NCBI Primer-Blast,但是在特异性比对可供选择的比对数据库都只是NCBI,其他LncRNA数据库无法选择。接下来,小编就分享下非NCBI RefSeq来...
Primer bank是MASSACHUSETTS GENERAL HOSPITAL,The Center for Computational and Integrative Biology和HARVARD MEDICAL SCHOOL三方联合开发的公开qPCR数据库。Primer bank主要包括人和小鼠qPCR引物库(染料法),其中包括17,973种人基因,129,692条引物;18,955种小鼠基因,118,886条引物,其中23,...
荧光定量PCR是我们检测RNA表达最常见的实验室四大技术之一,其中引物序列的设计是大家常常遇到的问题,今天我们来介绍几个常用的查询PCR引物序列的数据库。 1. Primerbank:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ 这个使用起来比较简单,物种只有人和小鼠两个,可以直接根据基因名进行查询: ...
高质量的引物设计对于所有基于聚合酶链反应(PCR)的实验的成功至关重要。研究之前建立了一个基于热力学的基因特异性定量PCR (qPCR)引物数据库,用于147个生物的基因表达研究。然而,数据库中生物的数量和功能的不完善限制了其潜在的应用。 2024年8月9日,西南大学卢坤、李田、张凯在Nucleic Acids Research在线发表题为“...
数据库的收录标准经过国际分子生物学联盟审核,明确要求所有引物序列必须附带原始实验数据、同行评议的论文支持以及至少三次独立实验的可重复性验证结果。例如,针对新冠病毒检测引物的收录,必须满足世界卫生组织发布的《核酸检测试剂设计技术指南》中关于引物长度、GC含量和特异性结合位点的参数要求。 数据审核流程由跨学科团队...
RNAcentral：整合多个数据库，为LncRNA研究提供综合资源。 NONCODE数据库：全面的ncRNA数据库，涵盖人及其他物种的大量LncRNA信息，支持多种搜索方式。 Lncipedia：整合多个LncRNA数据库信息，提供综合平台。 lncRNAdb：专注于真核生物的LncRNA综合数据库，提供序列、功能和疾病相关数据。LncRNA引物设计注意事项...
▣ 其他数据库使用指南 在检索引物时，务必注意区分不同种属。你可以尝试使用PrimerBank进行直接查找，但请注意，目前该数据库仅提供小鼠和人源的引物信息。其网址为：在Search by后的选择栏中，选择“NCBI gene symbol”，接着在Species后的选择栏中选择“Human”或“Mouse”，然后在for text后的输入栏中输入目标...