3.2.3 双序列对比——全局对比算法是【四川大学】生物信息技术的第13集视频,该合集共计40集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
即首先构建基因组的种子索引,然后基于gap-gram提取待比对序列的种子,构建k-mer图,找到一组线性种子链(chain),再对种子链进行首尾优化,最后对非种子区域进行详细序列比对,与种子区域合并组成完整的序列比对结果。 其中索引阶段采用成熟的哈希或者BWT-FM进行索引,这个是目前绝大多数比对算法采用的技术,都可以快速的进行子...
-双序列对比 -双序列对比是比较两个生物序列(如DNA序列或蛋白质序列)的相似性的一种方法,目的是找出序列之间的相似区域、保守区域以及可能的功能关系等。 2.算法步骤 -模型构建 -定义状态集合: -确定隐藏状态,例如对于序列比对,有匹配(Match)、插入(Insert)和删除(Delete)三种常见的隐藏状态。 -定义观测状态集合,...
01MATH对比算法介绍时间序列问题从开始出现到开始研究,学者们对其开始的预测算法研究源于朴素预测算法。朴素预测法是最简单的预测方法:用最近的观测值作为预测值。对于很多时间序列数据,例如股票价格,朴素预测法就是最佳方法了。虽然朴素预测法并不是一个很好的预...
对某数据集分别进行两种模型(CNN-LSTM & CNN-GRU)的时间序列预测分析对比,基于粒子群算法,采用VMD降噪法和PCA降维提取数据特征,相关误差参考为: MAE,MAPE,MSE,RMSE, R2. 首先介绍相关概念: VMD降噪 (Variational Mode Decomposition) 又称变分模态分解,是一种信号处理方法,用于去除信号中的噪声。它的原理基于信号...
blastx:核酸序列与蛋白库作比对,将核酸序列先翻译成蛋白序列,再将其与蛋白库作比对。 blastn:核酸序列与核酸库的比对,直接比对核酸序列的同源性。 tblastn:蛋白序列对核算库的比对,现将核酸库翻译成蛋白库,再将蛋白序列与翻译后的蛋白库进行比对。 tblastx:核酸与核酸数据库在蛋白质水平比较 ...
光线追踪中随机序列算法对比研究 陈秋丽卢磊杜堂正张亚飞焦丽华郭雅群 摘?要?随机序列生成算法是光线追踪中的关键算法,随机序列 的性质对光学模拟结果起着至关重要的作用。本文分别使 用线性同余序列、Halton、Faure、Sobol、Niederreiter序列 模拟了点光源和面光源发光分布,并对模拟结果的照度分 布误差和随机序列的生成...
VMD-PLO-Transformer-BiLSTM多变量时间序列光伏功率预测:https://mbd.pub/o/bread/mbd-ZpuWl5ls VMD-PLO-Transformer-LSTM多变量时间序列光伏功率预测:https://mbd.pub/o/bread/mbd-ZpuWk5lq光伏功率预测 多变量时间序列 Transformer-BiLSTM 2024年JCR一区 极光优化算法 分解对比 VMD PLO...
分形维数在一维时间序列的分形特性分析中应用非常广泛,其计算方法多种多样,但是相关计算方法的全面对比鲜见文献报道.针对常用的八种一维时间序列分形维数计算方法,以WCF合成时间序列为研究对象,分别就算法的准确性和效率,对数据长度的依赖性进行分析对比.结果表明:准确性较好的三种算法是FA,DFA和Higuchi算法;而运算效率最...
一维时间序列分形维数算法对比分析 下载积分: 1000 内容提示: 2016,52(22)1 引言分形属于非线性特性研究领域的三个分支之一。在有关分形的理论中,分形维数是一个重要的物理量,它定量地描述了研究对象的复杂程度,在复杂系统和复杂信号分析中得到了广泛应用。尤其是一维时间序列的分形维数在生物医学工程 [1] 、...