一般情况下，比较两组样品的差异可变剪接只需JC的结果。下图给出了一个rMATS利用前列腺癌细胞系的RNA-Seq数据进行差异可变剪接分析的示例，鉴定出的差异可变剪接事件为外显子跳跃，分析中用到了比对到剪接位点及外显子区的所有reads，以两组的inclusion level差异大于5%和FDR不大于0.01为标准进行筛选。rMATS在2017年1...
差异可变剪接分析工具--rMATS 可变剪接(Alternative splicing;又称“选择性剪接”)是一种在真核生物中非常普遍的基因表达方式,具体表现为一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA,从而在不同的时空环境和状态下形成不同的蛋白质,执行不同的生物学功能。目前许多可变剪接分析软件主要可鉴别5种不同的...
基于RNA-seq测序的基因差异性表达和差异性可变剪接分析流程个性化设计实例。 数据来源:拟南芥低温处理的时间序列测序。 分析软件:R 语言。 完整实例和相关生物背景以及分析结果解释参考文献:Rapid and dynamic …
一般情况下,比较两组样品的差异可变剪接只需JC的结果。 下图给出了一个rMATS利用前列腺癌细胞系的RNA-Seq数据进行差异可变剪接分析的示例,鉴定出的差异可变剪接事件为外显子跳跃,分析中用到了比对到剪接位点及外显子区的所有reads,以两组的inclusion level差异大于5%和FDR不大于0.01为标准进行筛选。 rMATS在2017年11...
可变剪接和免疫细胞功能在癌症中均发挥重要作用,因此,本研究将KHSRP可能的差异剪接靶基因与肺腺癌中免疫细胞的功能进行分析,发现ADD3、NUMB与B细胞、T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞及树突状细胞功能呈正相关,而LIMCH1与巨噬细胞功能呈正相关(图5),提示ADD3、NUMB及LIMCH1可能作为肺腺癌特异性新抗原,在肺腺癌中可能通...
filter.fastq.gz SRR17709920_2.filter.fastq.gz --readFilesCommand gunzip -c --outFileNamePrefix ./starmap.bam/2_pass/SRR17709920_2pass 注:常规的差异分析、可变剪接分析建议使用HISAT2软件,这破软件好烦,如果是要用RNA数据call SNP那就使用它的2-pass模式,毕竟是GATK官网推荐的软件。
可变剪接是一种广泛存在于生物体中造成蛋白质多样性的重要机制,它对细胞的增殖,分化,发育,凋亡等一系列重要的生物过程具有重要精细调控的作用.近年来,人们发现多种复杂疾病的产生往往伴随着剪接异构体的紊乱表达.为了研究剪接异构体在整体分布上的差异,该文提出一种基于中值的JS散度可变剪接(AS)差异分析方法.结果表明...
针对传统方法仅能分析基因的单一可变剪接模式的问题,设计了一种基于Jensen-Shannon(JS)差异的生物信息学方法ASAT,用以分析基因在转录本水平的多可变剪接模式.将ASAT应用于小鼠转录因子Klf1敲除实验的RNA-Seq数据,预测出12个发生了可变剪接变化的基因,并在转录本水平对这些基因的可变剪接模式进行了... 查看全部>> ...
摘要:可变剪接是一种广泛存在于生物体中造成蛋白质多样性的重要机制,它对细胞的增殖、分化、发育、凋亡等一系列重要的生物过程具有重要精细调控的作用。近年来,人们发现多种复杂疾病的产生往往伴随着剪接异构体的紊乱表达。为了研究剪接异构体在整体分布上的差异,该文提出一种基于中值的JS散度可变剪接(AS)差异分析方法...
AS-Quant生成两种不同生物学条件之间的可变剪接的表达水平。 安装 可以直接从github下载AS-Quant工具。 用户需要在自己的计算机上安装python。 它可以在Windows,Linux和Mac平台上运行。 用户将需要运行as-quant.py文件以演示AS事件。 $ python3 as_quant.py 要生成特定外显子的图,用户需要运行makePlots.py并以特定...