「待ってもらえますか」と「待ってもらえませんか」の違いと同じです。前者は待ってもらえることを前提としている感じ、後者は自分で決めつけず相手に答えをゆだねている感じ。英語でこういう疑問文にnotを使うとさらに丁寧になるのと同じです。