斯坦福大学Chan Zuckerberg Biohub,VA Palo Alto医疗保健系统中心以及加州大学旧金山分校的研究人员对小鼠的整个生命周期内来自20个器官的529823个细胞进行单细胞RNA测序,生成了一个Tabula MurisSenis图谱,同期发表在Nature杂志上,建立了Tabula Muris数据库。
综上,通过利用小鼠的转录组图谱有助于发现新的细胞类型,发现已知细胞类型中的新的基因表达,以及比较不同器官细胞类型。考虑到3个月大的小鼠与20岁人类有一定相似的生物特征,Tabula Muris数据库也可以当成健康青年器官的参考,可作为当前和未来疾病小鼠模型的基线。 Tabula Muris网站 打开主页首先看到的是简介。随后Code,...
TabulaMuris:小鼠单细胞开源数据库而针对器官的转录组学分析无法解答基因表达变化是由细胞内在变化还是由细胞组成变化所导致的斯坦福大学chanzuckerbergbiohubvapaloalto医疗保健系统中心以及加州大学旧金山分校的研究人员对小鼠的整个生命周期内来自20个器官的529823个细胞进行单细胞rna测序生成了一个tabulamurissenis图谱同期发表...
来自斯坦福大学、陈-扎克伯格生物中心以及加州大学旧金山分校的研究人员建立了一个名为Tabula Muris的开源数据库,收录了小鼠的多个细胞类型及其基因表达数据。这项成果发表在《Nature》杂志上。研究团队利用流式分选(FACS)方法和微流体液滴捕获(droplet)方法,从小鼠20个不同器官中分离出超过10万个细胞,并开展单细胞RNA测...
但是CellPhoneDB并不足以涵盖全部的通讯的可能性,而且它并没有依据目前的单细胞转录组数据的海量增长而与时俱进。接下来我们介绍一个新鲜出炉的CellCommuNet—细胞通讯网络数据库(人和小鼠单细胞转录组) 文章:Ma, Q., Li, Q., Zheng, X., & Pan, J. (2024). CellCommuNet: an atlas of cell–cell comm...
ZEBRA是首个大规模数据库,它能够对来自不同研究的单细胞RNA测序/单核RNA测序样本进行全面概览和基于基因的分析,同时保留了细胞类型和区域注释的细节。 此外,ZEBRA是一个宝贵的资源,提供了易于访问的基因分析功能,适用于衰老和神经退行性疾病的研究背景。 我们实现了在大脑皮层以及非皮层区域的稳健分析。 最后,我们的人...
图1. 人和小鼠植入前胚胎发育的伪时间分析 在分别建立了早期小鼠和人类胚胎的伪时间分析方法并将已有的数据库进行合并后【1,2】,作者们建立了一个来自于128个胚胎的1,751个细胞的数据集,并通过这些数据对小鼠以及人胚胎发育过程的异同...
在此,我们介绍CellCommuNet(http://www.inbirg.com/cellcommunet/),这是一个全面的数据资源库,用于探索人类和小鼠组织正常状态和疾病状态下单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯网络。 目前,CellCommuNet包含了来自多个来源的376个单一数据集,以及118组比较数据集,这些数据集来源于同一研究中的疾病和正常样本之间的对比...
Tabula Muris:小鼠单细胞开源数据库 背景介绍:细胞是生物体的基本结构和功能单位,多细胞的生物进化出了具有不同功能的细胞类型,他们之间相互协作完成更复杂的生物功能。之前对于细胞类型的判断多是基于细胞的形态和表征,近来随着分子生物方法的进步从而能够更加精确展示细胞属性,鉴别细胞类型的方法从表型特征转向了分子特征...