今天就给大家介绍一个小分子通路数据库:SMPDB(The Small Molecule Pathway Database): 背景数据集介绍 SMPDB 主要支持人类代谢途径、生理途径、药物代谢、药物反应以及疾病的信号反应。 数据库使用 在SMPDB 主要包括两个功能: 1)所有数据查看; 2)目标通路检索 其中,在浏览所有数据的选项当中,可以选择 1)通路图查看;...
药筛网是由上海陶术生物开发和维护的小分子信息查询网站,可提供开源数据库Topscience database,为虚拟筛选用户提供筛选化合物、天然产物、活性化合物和片段化合物四大类别的化合物结构数据。该数据库目前收录了超过1330万个化合物的结构数据,其中现货供应率超过90%。 药筛网支持类似物和衍生物的快速查询,帮助用户快速优化...
在科研中调研学习需要用到的一些小分子数据库: 免费的商业化合物数据库ZINC:http://zinc20.docking.org/ PubChem(有机小分子生物活性数据):http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 免费药物数据库DrugBank :http://www.drugbank.cal ChemDiv商业数据库:http://www.chemdiv.com ...
1.ChemDiv 全球最大的化合物库供应商 (价格比较亲民) 2.Specs 20多万种分子(价格比较亲民) 3.Enamine 较大化合物数据库,上亿化合物(价格偏高) 4.ChemBridge 百万计化合物库 (价格偏高) 5.TargetMol 陶素化学数据库,可购买分类化合物 6.eMolecules 7.Vitas 三、天然产物数据库 1.The Dictionary of Natural ...
BindingDB是一种公开的、易于访问的网络数据库。主要集中于药物靶标的蛋白质与小的药物样分子的相互作用。BindingDB包含1,386,772个结合数据,7,256个蛋白质靶标和619,208个小分子。 Binding database数据库是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库,目的是使研究者更容易通...
SMPDB|小分子通路数据库 我们知道[[KEGG-基因通路相关数据库]]是一个综合性的人类反应的数据库。体内通路反应的话,除了基因之间的相互作用关系。还包括了体内小分子的反应通路。今天就给大家介绍一个小分子通路数据库:SMPDB(The Small Molecule Pathway Database): https://smpdb.ca/...
STITCH数据库中包含超过30,000的小分子化合物以及来自1133个物种的260万个蛋白质之间的互作关系,STITCH数据库从分布在文献和多种生物学途径、药物靶点关系和结合亲和力的数据库整合了小分子和蛋白质的相互作用,相互关系合并自BindingDB, PharmGKB和the Comparative Toxicogenomics数据库该数据库我们前面已经介绍过使用了,...
其中,通路中每个小分子都可链接到附有详细说明的HMDB或Drugbank,每个蛋白复合物或酶也均与UniProt超链接。该数据库旨在支持代谢组学,转录组学,蛋白质组学和系统生物学中的通路发现。网址是:https://smpdb.ca/1、功能简介网站提供浏览和查询等功能,支持全文本格式、...
GOSTAR是用于药物发现的全球最大小分子SAR（Structure Activity Relationship，结构活性关系）人工校验数据库，也是用于AI/ML药物研发模型训练的最高质量数据库。GOSTAR是Excelra的旗舰产品。Excelra是全球生命科学领域领先的数据与数据分析公司。科学家通过独特的人工整理方法，精心构建了近800万个小分子活性化合物和约40K...
是很正常的,autodock 以及vina 选取的随机数产生方式都是按照系统时间产生的seed,也就是存在着不同结果的可能,他们对rotatable bond( torsion )键的模拟退火都是随机的,所以初始的随机数种子不同,然后调用的随机数是c库自带的,这个我没了解,但肯定不是只有一种随机数产生方式。