本发明公开了一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法,属于生物分子相互作用预测研发领域.本发明方法包括如下步骤:以核酸分子结构中的核苷酸作为网络模型中的节点,核酸分子序列上两个非连续的核苷酸重原子之间的最短距离小于时则形成网络模型的边,将核酸分子结构转化为核酸分子网络模型,通过计算核酸网络的节点...
本发明涉及蛋白质与小分子结合位点预测方法、预测装置,属于小分子结合蛋白结合位点预测技术领域。背景技术蛋白质并不是独立存在的,它们必须和诸如DNA、RNA以及其它的蛋白质和小分子相互作用来发挥其生物学功能。其中蛋白质-小分子结合位点是蛋白质表面行使蛋白质生物功能的活性位点,知道蛋白质与其他小分子的相互作用位点,...
一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法,包括如下步骤: (1)核酸结构选取和建模 若核酸分子在生物分子结构数据库(rcsbpdbdatabase)中有三级结构,则以该结构作为初始结构信息; 若核酸分子在生物分子结构数据库(rcsbpdbdatabase)中无三级结构,则使用主流的核酸结构预测方法搭建核酸分子的三级结构模型作为初始结...
发明中提出了新的蛋白质与小分子结合位点预测方法,该方法中使用滑动采样窗口法提取数据;蛋白质结合作用会受到结合残基周围环境影响,因此采用采样窗口法提取数据来表征中心位置的残基的特征,具有更好的表征效果;在使用提取的特征构建XGBoost分类模型后,分类模型具有更好的预测效果,能够更准确的预测蛋白与小分子的结合位点....
一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法专利信息由爱企查专利频道提供,一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法说明:本发明公开了一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法,属于生物分子相互作用预测研发领域...专利查询请上爱企查
本发明公开了一种与蛋白质或小分子结合的核酸结合位点的预测方法,属于生物分子相互作用预测研发领域。本发明方法包括如下步骤:以核酸分子结构中的核苷酸作为网络模型中的节点,核酸分子序列上两个非连续的核苷酸重原子之间的最短距离小于时则形成网络模型的边,将核酸分子结构转化为核酸分子网络模型,通过计算核酸网络的节点中...
蛋白质与小分子结合位点预测方法,包括如下步骤: 1)从蛋白质类数据库中提取能够与小分子相互作用的小分子结合蛋白数据集;使用滑动采样窗口法提取小分子结合蛋白残基对应特征矩阵,窗口中心位置的残基如果是结合位点,则采样窗口所提取的矩阵是正集;窗口中心位置的残基如果是非结合位点,则采样窗口所提取的矩阵是负集; ...