1. P-value (P 值) 首先,P 值,就是我们从一个假设出发(通常是一个“无效假设”),计算出观测数据或更极端数据出现的概率。小 P 值意味着我们的观察数据是不太可能仅仅由偶然产生的,这提示我们拒绝无效假设。 2. Adjusted P-value (调整后的 P 值) 在我们进行多重比较时(比如,同时测试多个基因或多个路径...
因此我们就可以计算基因集n是否在M类中富集的概率。但是知道这个概率后并不能直接用来作为富集分析的结果，必须要对其进行一个评估，因为我们必须要考虑到随机情况，如果随机从N中抽取n个基因，其中k个在M中的概率很高的话，那我们富集得到的通路意义就是极小的。这时候我们引入p值对富集分析的概率结果进行分析。P-...
一般GO富集分析后会看到这样的表格，第一列表示GO的三个levels，ID表示 GO数据库ID，Decription：表示该GO term的功能描述，GeneRAatio：富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数，BgRatio：该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数，pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，geneID表...
在差异基因下游分析中,GO富集分析和KEGG分析是最常见的,其Pvalue计算都是基于超几何分布。 首先,我们来看超几何分布的计算公式: 超几何分布计算公式 在这里呢,我们可以将N,M,n和k转化为的差异基因的参数,这也便于我们理解怎么计算某个GO term的Pvalue。 N:基因组中与该GO term同属于同一层面(BP、CC或者MF)的...
北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd.简称BTP)从事以生物质谱为依托的生物药物表征,大分子物质(包括蛋白质、多肽、代谢物)质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系,专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务,业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药...