1. P-value (P 值) 首先,P 值,就是我们从一个假设出发(通常是一个“无效假设”),计算出观测数据或更极端数据出现的概率。小 P 值意味着我们的观察数据是不太可能仅仅由偶然产生的,这提示我们拒绝无效假设。 2. Adjusted P-value (调整后的 P 值) 在我们进行多重比较时(比如,同时测试多个基因或多个路径...
p-value是指你观察到m个基因落在通路里，比这还要更极端的概率之和，所以i是从m到M。就是说看到更多的基因落在这个通路里的所有可能。所以超几何检验很方便地 可以给你算一个p-value，最后得到p-value<0.01或者0.05，你的结果如果定义p-value<0.05 那就有5%的概率看到是一个假阳性，这里我们只是在谈拿...
在差异基因下游分析中,GO富集分析和KEGG分析是最常见的,其Pvalue计算都是基于超几何分布。 首先,我们来看超几何分布的计算公式: 超几何分布计算公式 在这里呢,我们可以将N,M,n和k转化为的差异基因的参数,这也便于我们理解怎么计算某个GO term的Pvalue。 N:基因组中与该GO term同属于同一层面(BP、CC或者MF)的...
若一次随机实验的结果出现了小概率事件则认定该假设不被支持。 在给定假设(如零假设:事件间无显著相关性)的前提下,对假设事件的出现可能性做统计学检验,p-value越小,越能拒绝原假设。 p-value是一种概率:是在原假设为真的前提下,出现该样本或比该样本更极端的结果的概率之和。 3.2 富集分析的一般假设 H0:已...
一般GO富集分析后会看到这样的表格，第一列表示GO的三个levels，ID表示 GO数据库ID，Decription：表示该GO term的功能描述，GeneRAatio：富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数，BgRatio：该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数，pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，geneID...
富集分析是将基因根据先验的知识(也就是常见的注释)进行分类的过程,最常见的富集分析是GO与KEGG富集。 文献中通常使用柱形图或点图来展示富集分析结果,柱子的高低与p value相关,柱子越高则富集越显著: 柱形图只能突出显示富集的Term与对应的p值,存在一定的局限性。
现有的生物数据分析往往先对每一个特征计算一个假设检验 p 值,然后使用基于p 值的统计学方法(比如著名的 Benjamini-Hochberg 方法和 Storey q-value 方法)来实现对假发现率的控制。但一个常见并关键的问题是,很多针对新数据类型开发的计算...
俊俊哥,能给折线图加个横坐标吗?还有富集分析的结果,直接在词云图后面对应的来个P值 的具体数值,更直观,或者柱状图加个横坐标-log10Pvalue,或者怎么搞个图例来表示显著性。#51 Open yangskyfucker opened this issue Sep 8, 2023· 1 comment Comments yangskyfucker commented Sep 8, 2023 如上,谢谢俊俊...
ANALYSIS AND EVALUATION IN NUTRITIVE VALUE OF RACHYCENTRON CANADUM (LINNAEUS) The ratio of unsaturated fatty acids to total fatty acids was 65.2%, and the ratios of EPA and DHA to total fatty acids were 4.5% and 12% ... LI Liu-Dong,BS Chen,J Feng,... - 《Tropic Oceanology》 被引量...
现有的生物数据分析往往先对每一个特征计算一个假设检验 p 值,然后使用基于p 值的统计学方法(比如著名的 Benjamini-Hochberg 方法和 Storey q-value 方法)来实现对假发现率的控制。但一个常见并关键的问题是,很多针对新数据类型开发的计算方法无法或者很难对特征给出正确的p值(即实际为阴性的特征的p值并不服从...