富集分析的展现形式往往是柱状图或者点图,但是这些图形往往只能展示某一个细胞群体的富集结果。当需要同时分析和展示多种细胞的富集结果时就显得尤为不便,今天我们教大家用一个函数—compareCluster轻松搞定单细胞富集分析!参照单细胞组学 | 第22期. 单细胞数据分析的灵魂,学起来!的内容,我们用以下代码得到了各群细胞的...
既然simplify能用来精简enrichGO结果,估计gsea结果也差不多,我去看看他是怎么实现的。 在R里直接输入simplify,查看函数内容 它告诉我输入showMethods("simplify") 咦?居然有gseaResult～ 赶紧去github确认 的确支持gseaResult,而且用法跟enrichGO一样。 赶紧跑回知识星球,在刚才的吐槽下面检讨,点击图的按钮,上传截图。
simpleEnrichment 主要是通过对GO terms的相应语义相似度矩阵进行聚类来简化 GO 富集分析结果。我们首先从Biological Process(BP)中生成一个随机 go id 列表: library(simplifyEnrichment)set.seed(888)go_id = random_GO(500) 我们可以使用 GO_similarity() 函数来计算语义相似度矩阵(或自己提供相似度矩阵)。GO_simi...
专治疗懒病:GO、KEGG富集分析一体函数 之前我们写过GO、KEGG的富集分析,,演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统,将KEGG、GO(BP、CC、MF)的分析封装为一个函数,您只需要提供gene,选择物种即可,只有human和mouse。而且一次性...
从富集的结果中导出富集在所有GO中的基因 ExportGOGene<-function(go.result){fram<-data.frame()for(i inseq(length(go.result$Description))){try(fram_1<-data.frame(Description=go.result$Description[i],ENSEMBL=strsplit(go.result$geneID[i],split="/")[[1]],pvalue=go.result$pvalue[i]))try...
"dotplot"这个函数该怎么解决？做GO富集分析运行R脚本时，出现没有"enrichGO"及 "dotplot"这个函数该...
函数参数如下:增加的参数首先第一个rownames_anno,传入一个向量,是需要标记的基因,如果基因过多的时候,不适宜全部展示,show_row_names选择F。第二个就是anno_enrich,默认F,如果需要添加富集结果的注释,选择T,需要注意,函数并未提供富集,富集结果需要手动展示。对应的注释传入enrich_terms,是一个list,此外,添加富集...
我们之前写过一个棒棒糖图,复现SCI论文图表:棒棒糖图|渐变|legeng设置(优惠最后一天),棒棒糖图可以展示富集分析的结果,前面我们使用的是ggplot做的,这里我们提供两外一种方式,ggpubr包的ggdotchart函数。这里我们直接使用GSEA分析得到的结果,读入数据作图。效果还是不错的! setwd("D:/ks项目/公众号文章/gsea分析及...
机器学习 药物设计 AI技术 药学专业 评分函数 药物设计构建评分函数,评价指标如何用富集因子(EF)?分类问题上,会有假阴性和假阳性,这时候如何使用富集因子进行评估?显示全部 关注者3 被浏览55 关注问题写回答 邀请回答 好问题 1 添加评论 分享 ...
https://gitee.com/biox-lab/biclass.biox/blob/master/%E4%BF%AE%E4%B8%9A/Bioinformatics/Data-Analysis/Enrichment-Analysis/My-Question/%E4%BD%BF%E7%94%A8clusterProfiler%E5%8C%85%E4%B8%ADenrichKEGG%E5%87%BD%E6%95%B0%E6%97%A0%E6%B3%95%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E...