1. GO富集分析(Gene Ontology Enrichment Analysis):分析确定基因列表在GO分类的生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞组分(CC)中的富集情况,帮助理解这些基因的功能和在细胞内的定位。 2. KEGG通路富集分析(KEGG Pathway Enrichment Analysis):确定基因列表在KEGG(Kyoto E
既然simplify能用来精简enrichGO结果,估计gsea结果也差不多,我去看看他是怎么实现的。 在R里直接输入simplify,查看函数内容 它告诉我输入showMethods("simplify") 咦?居然有gseaResult～ 赶紧去github确认 的确支持gseaResult,而且用法跟enrichGO一样。 赶紧跑回知识星球,在刚才的吐槽下面检讨,点击图的按钮,上传截图。
simpleEnrichment 主要是通过对GO terms的相应语义相似度矩阵进行聚类来简化 GO 富集分析结果。我们首先从Biological Process(BP)中生成一个随机 go id 列表: library(simplifyEnrichment)set.seed(888)go_id = random_GO(500) 我们可以使用 GO_similarity() 函数来计算语义相似度矩阵(或自己提供相似度矩阵)。GO_simi...
华为云帮助中心为你分享云计算行业信息,包含产品介绍、用户指南、开发指南、最佳实践和常见问题等文档,方便快速查找定位问题与能力成长,并提供相关资料和解决方案。本页面关键词:r语言 基因功能富集分析 。
之前我们写过GO、KEGG的富集分析,,演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统,将KEGG、GO(BP、CC、MF)的分析封装为一个函数,您只需要提供gene,选择物种即可,只有human和mouse。而且一次性完成KEGG和GO分析结果,免去了分析两次的...
从富集的结果中导出富集在所有GO中的基因 ExportGOGene<-function(go.result){fram<-data.frame()for(i inseq(length(go.result$Description))){try(fram_1<-data.frame(Description=go.result$Description[i],ENSEMBL=strsplit(go.result$geneID[i],split="/")[[1]],pvalue=go.result$pvalue[i]))try...
"dotplot"这个函数该怎么解决？做GO富集分析运行R脚本时，出现没有"enrichGO"及 "dotplot"这个函数该...
我们之前写过一个棒棒糖图,复现SCI论文图表:棒棒糖图|渐变|legeng设置(优惠最后一天),棒棒糖图可以展示富集分析的结果,前面我们使用的是ggplot做的,这里我们提供两外一种方式,ggpubr包的ggdotchart函数。这里我们直接使用GSEA分析得到的结果,读入数据作图。效果还是不错的! setwd("D:/ks项目/公众号文章/gsea分析及...
之前我们写过GO、KEGG的富集分析,参见:补充更新:GO、KEGG(批量分组)分析及可视化。演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统,将KEGG、GO(BP、CC、MF)的分析封装为一个函数,您只需要提供gene,选择物种即可,只有human和mouse。
机器学习 药物设计 AI技术 药学专业 评分函数 药物设计构建评分函数,评价指标如何用富集因子(EF)?分类问题上,会有假阴性和假阳性,这时候如何使用富集因子进行评估?显示全部 关注者3 被浏览58 关注问题写回答 邀请回答 好问题 1 添加评论 分享 暂时还没有回答,开始写第一个回答...