第二阶段始于研究者认识到 RNA-seq 的高分辨能力和内在的单核苷酸分辨率,使其成为同时检测和定量来自不同相互作用生物体转录本的一种极其强大的技术。目前的第三阶段以越来越多地使用单细胞 RNA-seq来剖析宿主 - 微生物相互作用中的细胞异质性为标志。 图1 宿主-微生物相互作用 其中互作转录组测序(Dual RNA-seq)...
PHI-base数据库,即Pathogen Host Interactions 病原菌-寄主相互作用,是一个可以通过web访问的数据库,其中包含与侵染动物、植物、真菌和昆虫寄主的真菌、卵菌和细菌病原微生物相关的效应基因。而且PHI-base数据库中的每个有关致病性和毒力的基因均经过实验验证、并附带推测的氨基酸序列,以及对预测蛋白质在宿主感染感染过...
多组学联合分析可以全面理解微生物群落，文本列举了三个相关研究案例，《抗生素诱导的肠道菌群失调通过胆汁酸代谢调节宿主转录组和 m6A 表观转录组》的研究，利用多种小鼠模型和多组学方法，研究发现抗生素诱导的肠道菌群失调通过胆汁酸代谢途径调节宿主转录组和 m6A 表观转录组，为微生物代谢物与宿主基因表达的相互作用提...
宿主与微生物群之间复杂而高度协调的相互作用代表了一个自然生态系统。共生相互作用,如互利共生、共栖、捕食、寄生和竞争,是微生物、微生物-宿主和宿主-宿主细胞之间相互作用的基础。 因此,肠-肝轴中的细胞处于稳态平衡,环境扰动会改变这种平衡,从而调节局部和全身的转录反应,并影响健康和疾病,例如癌症。 图1 微生物...
微生物和宿主之间相互作用的影响不仅局限于宿主内部,还可以通过宿主和外部环境的互动来体现。例如,某些微生物可以通过调节宿主的代谢和免疫状态,影响宿主的体重、能量代谢和食欲。此外,人们最近的一些研究还发现,微生物和宿主之间的相互作用也可能与宿主的精神状态和行为有关。这意味着微生物和宿主之间的关系可能不仅是生...
肠道微生物群在肥胖的发生和进展中发挥着作用。肠道微生物组发育不良可能通过各种机制促进饮食诱导的肥胖和代谢并发症,包括免疫失调,改变能量调节,改变肠道激素调节和促炎机制。道格拉斯实验室发现,生活在果蝇肠道中的微生物可以保护它们免受肥胖,有微生物的昆虫是健康的,没有微生物的昆虫很胖。大多数对超重和肥胖人群生...
背景:抗病表型与免疫调节功能和免疫耐受有关,对畜牧业和人类健康均有影响。微生物群在调节宿主机体免疫和自身免疫中起着至关重要的作用,然而宿主-微生物相互作用对抗病表型的影响尚不清楚。本研究通过多组学分析确定了两个猪品种在微生物组和宿主水平上抗病的潜在调节机制。
此外,另一个关键发现是在合格状态的转录标记富集的后期的细菌。参与微生物相互作用的微生物和宿主细胞的单细胞特性鉴定技术。微生物可以通过多种单细胞基因组学、空间特性和组合空间基因组技术来研究。 微生物分裂池连接转录组(microSPLiT -pool ligation transcriptomics, micro - split)利用多轮细胞池和随机分裂,按...
宿主是指微生物生活环境所在的生物体,如人类和动物等。微生物与宿主之间的相互作用可以是共生、互利共赢的,也可以是竞争、寄生等不良作用的。 1.微生物与宿主的共生关系 共生是指微生物与宿主之间相互依存的关系。一种常见的共生方式是共生进化,即微生物和宿主根据彼此的需要进行了相互适应和演化。例如,人体肠道中的...
通过将宿主-微生物相互作用纳入对脂肪代谢的理解，可以对人类营养以及饮食驱动的代谢性疾病的潜在机制有更深入的了解。1. 宿主驱动的脂肪代谢 相对富含饱和脂肪和人工反式脂肪的饮食，与肥胖、2型糖尿病和心血管疾病的发病率上升有关，而相比之下，单不饱和脂肪和多不饱和脂肪通常被认为是中性或有益于代谢健康。用单...