图5：shotgun宏基因组分类群对shotgun宏基因组和宏转录组功能途径的贡献 宏转录组和宏基因组等宏组学测序数据，来源于对复杂微生物群落的直接测序，无需先进行微生物的纯化或培养，在医学研究中的应用非常广泛。得益于测序技术的持续进步和生物信息学分析工具的不断完善，在宏转录组、宏基因组测序数据的基础上，可...
当然,菌株变异也会引起这样。在宏转录组中可能遇到极低丰度的菌的情况,所以我们不必须做这一步。我们实验室开发了一个方法,「把序列按丰度高低分成两个组,仅修剪高丰度的序列,这样可以兼得低丰度序列,又能去除错误」。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #建立文件夹并进入 cd ${PROJECT}mkdir...
宏基因组+宏转录组 揭示厌氧氨氧化菌群对营养缺乏的响应与恢复 本研究通过宏基因组组装获得88个MAGs,根据宏转录组数据对丰度最高的前10个MAGs进行定量,得到微生物群落动力学和转录组表达情况。 研究者比较四个时间点,参与厌氧氨氧化(anammox)过程的表达差异基因,在厌氧氨氧化基因组中,多个拷贝的营养转运蛋白被发现,...
宏基因组可以发现新的基因序列,宏转录组可以验证这些新基因的表达 总之,宏基因组和宏转录组的联合分析可以从DNA和RNA两个层面全面解析微生物群落,为微生物生态学研究提供更深入的见解,是当前微生物组学研究的重要趋势。 凌恩生物提供宏基因组&宏转录组关联分析,充分满足研究人员对多组学联合分析需求,同时结合经典文献...
宏转录组学是在转录水平,以特定样本中微生物群落的全部转录本为研究对象,分析微生物群落的基因表达与调控。宏转录组测序,避开了微生物的分离培养,并且有效剔除了死亡微生物的相关信息,为科研人员提供了从整体水平研究特定环境,特定时期微生物群落基因组转录情况以及转录调控规律的高效工具。
宏转录组 01 宏转录组建库方式 宏转录组采用去除 rRNA 建库方式,尽量最大程度保留病原体 RNA。 图1 宏转录组/宏病毒组建库方式 02 宏转录组分析流程 首先要对原始数据进行预处理,得到有效数据(Clean Data)。然后基于有效数据进行物种分类分析和复杂度分...
宏转录组是特定时期、环境样本、组织样本中所有的微生物的RNA(转录本)的集合。通过对这些转录本进行大规模高通量测序,可以直接获得环境中可培养和不可培养的微生物转录组信息。这种技术不仅具有宏基因组技术的全部优点,可以检测环境中的活性微生物、活性转录本以及活性功能进行研究,还可以比较不同环境下的差异表达基因...
宏转录组（Metatranscriptomics）是指研究整个微生物群落或特定生态系统中所有转录本的集合，即研究在特定环境和条件下，整个微生物群落中所有基因的表达情况。通过宏转录组分析，可以了解不同微生物在群落中的相对丰度、基因表达的多样性和功能特征等。代谢组是指一个生物体内所有小分子代谢物的集合，这些小分子物质通常是...
宏转录组+宏基因组:揭示绵羊羊羔胎儿肠道中存在微生物群[3] 微生物暴露对于新生儿和婴儿的生长发育和免疫起着至关重要的作用。然而,出生前的胎儿肠道中是否存在微生物仍然存在争议。研究将通过无菌子宫切除术出生的足月羔羊作为研究产前肠道微生物的动物...
宏转录组研究可挖掘环境中关键功能基因的表达信息。能识别微生物群落里活跃的代谢途径及相关基因。有助于发现新的酶编码基因及其功能特性。可探究不同环境条件下微生物基因表达的差异。分析微生物在共生关系中的基因表达变化规律。为理解微生物与宿主相互作用机制提供转录水平依据。可追踪环境扰动时微生物群落转录响应过程...