前两期小编和大家一起学习了宏基因组学中的重要名词和常见图表的含义,本期我们来看看宏基因组数据分析时常用的数据库和软件。 1. 常用数据库 RDP(Ribosomal DatabaseProject)数据库提供核糖体相关数据和服务,包括在线的数据分析、比对、16S rRNA序列的注释。RDP最新版本是Release 11.4,发布于2015.5.26,收录了共3,224...
如果红线,也就是实际的GC含量分布图偏离了正态,有以下几种原因:1. 意味着存在污染物,如果是宏基因组数据那么意味着很大概率存在宿主污染。2. 某种序列过度表达,影响了整体的GC含量分布。 针对于宿主污染,fastp无法进行解决,因为宿主污染的去除需要依靠数据库比对,fastp不具有这种功能,bowtie2和kneaddata等软件可以用于...
BacMet数据库全称为抗菌杀菌剂与金属抗性基因数据库。数据库包含了抗金属离子的基因(metal resistance genes, MRGs)和抗杀菌剂的基因(biocide resistance genes, BRGs)两大类,共计753个基因。 ARDB(Antibiotic resistance genes database) 抗生素的过度使用以及随之而来的残留抗生素对环境的污染,使得耐药基因 (antibiotic ...
元莘生物研发技术团队潜心研发,通过查阅大量研究文献和资料整理,在KEGG数据库的基础上进一步整合了KOFAM、Pfam和TIGRfam、dbCan2、MEROPs、PCyCDB数据库,利用蛋白结构域寻找功能基因,整理构建了专门用于碳(C)、氮(N)、磷(P)、硫(S)循环的功能基因集,帮助微生物研究者们实现更深入、更全面的数据挖掘。广泛适用于各...
数据库更新为SARG v3.2版本! SARG(Structured Antibiotic Resistance Genes,https://smile.hku.hk/SARGs)数据库,其由ARDB和CARD整合而成,目前更新到v3.2版本,是已知的最为完整的抗生素抗性基因数据库。 本次更新的SARG数据库(v3.2版本)通过序列比对和关键词匹配等稳健的选择标准,纳入了更多来自NCBI非冗余(NR)数据...
第一个口腔微生物组综合数据库——人体口腔微生物组数据库(human oral microbiome database,HOMD)于2008年3月25日正式对公众开放,该数据库整合约700种人类口腔原核微生物的基因组信息(约400个口腔分类单元和1300多个微生物菌株的基因组),其中54%的物种具有明确命名,14%的物种虽可培养但尚未被命名,还有32%为未命名...
前两期小编和大家一起学习了宏基因组学中的重要名词和常见图表的含义,本期我们来看看宏基因组数据分析时常用的数据库和软件。 1. 常用数据库 RDP(Ribosomal DatabaseProject)数据库提供核糖体相关数据和服务,包括在线的数据分析、比对、16S rRNA序列的注释。RDP最新版本是Release 11.4,发布于2015.5.26,收录了共3,224...
基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段,五大数据库全面注释分析,一网打尽ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注释。 项目报告不仅包含抗性基因的多样性、丰度和分布模式,还能获得包括抗性组变化驱动因素、指示基因识别、抗性组变化分子机制、抗性基因风险排序、临床抗性基因分析等在内的一系列深入研究结果,...
产品升级|宏基因组新增功能注释数据库(三) Origingene PRODUCT 产品 升级 UPGRADING 导语 Origingene 上期,小编给大家介绍了元莘生物宏基因组产品的新增功能注释——毒力因子。今天,小编继续给大家分享宏基因组中的另一功能注释——QS(群体感应)。 群体感应( quorum sensing,QS) (https://quorumpeps.ugent.be/)...
基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段,五大数据库全面注释分析,一网打尽ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注释。 项目报告不仅包含抗性基因的多样性、丰度和分布模式,还能获得包括抗性组变化驱动因素、指示基因识别、抗性组变化分子机制、抗性基因风险排序、临床抗性基因分析等在内的一系列深入研究结果,...