前两期小编和大家一起学习了宏基因组学中的重要名词和常见图表的含义,本期我们来看看宏基因组数据分析时常用的数据库和软件。 1. 常用数据库 RDP(Ribosomal DatabaseProject)数据库提供核糖体相关数据和服务,包括在线的数据分析、比对、16S rRNA序列的注释。RDP最新版本是Release 11.4,发布于2015.5.26,收录了共3,224...
ARDB是最早的耐药基因数据库,除此之外,整合ARDB数据库的CARD数据库,也已纳入派森诺宏基因组/宏转录组标准交付结果中。 MGE(MobileGeneticElements) MGE是一个可移动元件参考基因数据库。它包含了278个不同的基因和超过2000条参考序列,涵盖了各种可移动基因元件(Mobile genetic elements,MGEs)。与利用CARD/ARDB数据库获...
今天给大家介绍的这款数据库,gutMEGA,收集了到目前为止已发表的人类肠道微生物宏基因组数据。 这款数据库是由中山大学肿瘤防治中心的研究团队收集和建立,其论文发表在牛津学术旗下的Briefings in Bioinformatics(影响因子=9.1分;我们之前介绍的m6A修饰靶点数据库m6Atarget和液体活检相关数据库BBcancer数据库也是由他们建立...
结果表明:在第35天,添加0.5%高岭土显著上调了nosZ和nifH基因的表达,同时降低了norB基因的丰度,使NH3和N2O排放量分别减少了61.4%和17.5%。值得注意的是,本研究首次研究了堆肥过程中宏基因组组装基因组中氮功能基因和重金属抗性基因的共存现象。越来越多的证据表明,高岭土通过钝化作用有效地阻碍了Cu/Zn与nirK和nosZ基...
GTDB(Genome Taxonomy Database)数据库是一个基于基因组的微生物分类数据库,通过对自于 RefSeq、GenBank、宏基因组和单细胞中获得的未培养微生物的基因组草图进行多序列比对,使用 120 个单拷贝标记蛋白及核糖体 RNA 基因等构建基因组树,比对推断出微生物的分类地位,同时对NCBI现有的物种分类地位进行了重新划分,例如...
抗性宏基因组 分析流程 又升级了! ARGs-OAP流程更新 数据库更新为SARG v3.2版本! SARG(Structured Antibiotic Resistance Genes,https://smile.hku.hk/SARGs)数据库,其由ARDB和CARD整合而成,目前更新到v3.2版本,是已知的最为完整的抗生素抗性基因数据库。
FFVW降低了QS信号、rpaI、luxS等QS合成基因以及rpfC和fusK等受体基因,导致ARGs和VFGs的风险降低。纯培养实验显示,FFVW处理后铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中QS, VFGs, ARGs 和可移动遗传元件(MGEs)相关基因表达下调,与宏基因组学分析结果一致。本研究提出了一种环境友好的控制土壤V...
宏基因组入门、质控、组装及基因集构建 百迈客生物 309 0 科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库 百迈客生物 762 0 【宏基因组】:宏基因组测序技术与耐药基因研究 百迈客生物 191 0 “Binning”!百迈客生物宏基因组高级分析“利器出鞘” 百迈客生物 245 0 【研究思路分析】宏基...
Genetic and Environmental Impacts on the Gut Microbiome. Cell Syst. 0, 32–46 (2016).3. http://arken.nmbu.no/~larssn/humgut 作为菌群研究的参考数据库，包括来自人类肠道的 MAG 和普通的 RefSeq 基因组 包含 > 30,000 个基因组，以 97.5% 的序列相似性水平进行聚类，并按人类肠道中流行率排序 ...
HOMD数据库是人体口腔微生物组数据库，整合了约700种人类口腔原核微生物的基因组信息，为口腔微生物组研究提供了重要的资源。最新版本eHOMD 3.1于2023年3月发布。Greengenes2数据库是针对宏基因组学和16S rRNA基因扩增子研究的综合资源，旨在解决不同研究方法之间的一致性和标准化问题。通过整合细菌和古菌...