conda install metaphlan ##物种分类 conda install megahit ##组装 conda install parallel ##软件并行 conda install prodigal ##基因预测 sudo apt install cd-hit ##去冗余 conda install salmon ##基因定量 conda install seqkit ##数据整理 特别提及Trimmomatic的下载 进入官网: USADELLAB.org - Trimmomatic:...
组装过程可以将测序得到的短reads拼接成长序列，甚至接近完整的基因组序列。可以更准确地解析微生物群落的物种组成和基因结构。提供更为全面和深入的物种注释和功能注释信息。这对于理解微生物群落的生态功能、相互作用以及进化关系具有重要意义。能够用于发现新物种、挖掘新基因、获得基因的物种来源。缺点：低质量的测序数据...
相较于基于组装的物种注释,基于序列的宏基因组物种注释方法更加全面和准确。 (4) 组装:运用megahit软件,将所有样本去宿主基因后的clean reads进行组装(megahit默认组装参数),得到contigs; (5) 基因预测:运用prodigal软件,预测contigs中的基因序列; (6) 基因去冗余:用cd-hit软件,对得到的基因进行去冗余,得到去冗余...
4.基于纳米孔测序宏基因组学研究对象是整个生境中的总dna,为了获取环境样品中完整基因组的信息,需要复原每个微生物的全长基因组序列,显然这是理想情况。但是利用宏基因组从头组装技术,即宏基因组reads首先组装成contigs,通过与参考基因组的序列比对,将分类或系统发育信息归于每个contig,得到微生物群落的物种组分,进而进...
软件名称宏基因组组装流程软件 软件简称-版本号V1.0 登记号2014SR210655分类号- 著作权人天津诺禾致源生物信息科技有限公司首次发表日期- 登记日期2014-12-25 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12024-12-19双向最佳比对鉴定直系同源基因进行partitions模型进化分析软件BBH_orthologous_partiti...
宏基因组基于reads和基于组装的分析流程比较 1.基于reads的宏基因组分析流程 1.1分析流程主要步骤(如图1): (1) 数据质控:测序得到的原始数据会存在一定比例的低质量数据,为了保证后续信息分析结果的准确可靠,首先要对原始数据进行质控及宿主过滤,得到有效数据。分析中将使用Cutadapt彻底清除原始数据中的Illumina接头序列,...