多样性/宏基因与代谢组联合分析内容分析内容涵盖了七大模块,共计二十余项分析内容,分析内容中除相关性分析、一致性分析外,还包括约束排序、机器学习、WGCNA、MIMOSA2等分析内容,其中MIMOSA2分析更是一种可以用于推断微生物与代谢物机制关系的分析工具,方便我们更有针对性的找到关键微生物和特定代谢产物之间的关系。 HALLA...
结合16S rRNA和宏基因组测序,发现选择性FGR新生儿的肠道菌群失调的特征是缺乏肠球菌,尤其是在有选择性FGR的较小双胞胎中屎肠球菌丰度降低。 ■■■ 图2 宫内环境和遗传因素共同影响新生儿肠道微生物组成 3.不良宫内环境对肠道微生物群的...
科研宏基因组和代谢组分析联合揭示了肠道不同部位的微生物群落的代谢情况
⑤ 从热图的顶部可以看到,有一组代谢产物主要存在于粪便中。根据系统树图中形成的分支可知,这些代谢物与在结肠区域发现的那组核心代谢物差异很大。粪便中发现的这些代谢物可能是由于暴露于空气中产生的,亦或是由于哺乳动物细胞产生并残留下来的。 ⑥AC和TC区域之间代谢物多样性和数量的差异表明TC区域的代谢物产量稳健。
在文章中,作者分别对健康组、S0组(早期轻症,容易被治愈)以及SIII/IV组(重症,难以治愈)的肠道粘膜样本进行了宏基因组和代谢组检测。然后通过随机森林和lasso logistic回归分别区分 S0 、 SIII/IV 病例与健康对照。作者分别仅基于物种、仅KO基因、仅代谢物数据或三者的组合构建了四种类型的模型。
微生物组-代谢组的联合分析可以用来解释差异菌群与差异代谢物的关联性,从而帮助建立微生物-代谢物-表型之间的逻辑关系。 扩增子&宏基因组 相比16s扩增子测序,宏基因组具有两个明显优势: (1) 16s测序只能获得物种组成及丰度,宏基因组除了可以获得物种组成及丰度,更能获得功能基因的组成及丰度。
基于宏基因组+代谢组(非靶向/靶向代谢组)的组学数据,先从宏基因组、代谢层面分别筛选组间差异的菌株、基因和代谢物,然后基于三者间的相关性进行联合分析,多角度揭示特定菌群、基因功能与特定代谢物(群)之间的关联性,筛选引起菌群代谢状态或功能性代谢小分子变化的关键功能菌株和代谢物。
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比较分析的结果显示,就短链脂肪酸产量、代谢谱和胆汁酸的转化而言,AC、TC 和 DC 区域的代谢之间存在很大的差异。宏基因组评估结果显示,不同区域的代谢轮廓与微生物群落组成和遗传潜能之间存在强相关性。总之,本研究为深入了解不同区域微生物群落的代谢差异提供了重要参考,并有助于更好的理解肠道菌群结构与功能之间的...
于今日再次推出菌群多样性与代谢组联合云分析系统以及宏基因组与代谢组联合云分析系统,这两款联合分析系统将更准确地将微生物群落或特定基因或基因簇与代谢产物的变化关联起来,揭示微生物群落或基因表达调控与代谢途径活动之间的直接或间接联系,为解析环境体系中基因功能、微生物群落结构与其代谢产物之间的复杂相互作用提供...