宏基因组(Metagenomics)又称元基因组,或称环境基因组,是指同时被研究的整个微生物群落的DNA。宏基因组测序,是对特定环境样品中的微生物群体的基因组(尤其是那些种类众多的难于培养的微生物),进行序列测定。通过宏基因组测序可以进行功能基因的发掘,分析微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,发掘和...
L. crispatus(n=48)、L. iners(n=74)和G. vaginalis(n=58)的转录组在至少30个宏转录组中有足够的覆盖率(目标物种>50万reads)。研究人员通过对宏基因组数据的综合分析,确定这些物种的基因表达是否受其群落组成的影响,并通过宏转录组数据确定重点物种的基因表达。稀疏典型相关分析用于确定这两个数据集之间的协...
HUMAnN(全称HMP Unified Metabolic Analysis Network)最早由Curtis Huttenhower团队针对HMP项目开发的一款可对宏基因组/宏转录组测序数据进行物种分类分析和功能(代谢)分析的多功能软件【1】。 一、HUMAnN 第一版 2012 Curtis Huttenhower团队使用该方法还特意分别做了口腔、粪便宏基因组与宏转录组关系的研究【2】。该研究...
宏转录组测序可原位研究特定生境特定时 空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。结合宏基因组测序,宏转录组测序可研究活跃菌种以及高表达基因的组成情况,揭示特定环境因子影响下菌种的适应...
图1. 宏基因组二代（医学）reads分析流程图 图2. 宏转录组（医学）reads分析流程图 宏基因组二代（医学）是通过直接从医学样品中提取DNA，利用高通量测序技术对所有微生物的遗传物质进行测序，从而研究微生物群体的组成、多样性及功能。宏转录组（医学）专注于研究特定医学环境下微生物群落的所有mRNA，以揭示其在...
近日,《生物技术通报》在线发表了题为《复配菌群降解煤产甲烷的宏基因组与宏转录组分析》的研究报告。本文采用沁水盆地东南部煤层气井产出水为菌种来源,以褐煤为碳源富集产甲烷菌群(RI),以菲为碳源富集芳香化合物降解功能菌群,并通过功能菌群与...
1.分析速度快 新分析流程基于reads注释分析,无需进行拼接组装,相较于常规宏基因组和宏转录组环境分析流程,分析速度更快。 2.Metaphlan4菌种注释 MetaPhlAn是针对宏组学数据进行微生物分类分析最常用的工具之一,是一种基于微生物物种基因组的标记基因进行物种鉴定和分类的方法,MetaPhlAn4数据库扩大了可量化的已知微生物物...
展开全部 由于宏转录组以环境中转录本为研究对象,分析结果中体现的是活跃/不活跃物种;宏基因组体现的是优势物种,除此之外两者的分析内容基本一致。宏转录组配合16s rDNA测序和宏基因组,可全面地揭示科学问题。 本回答被提问者采纳 已赞过 已踩过< 你对这个回答的评价是? 评论 收起 1条折叠回答 其他...
宏基因组和宏转录组联合分析发现,复配显著提高芳香化合物降解菌及相关基因丰度和表达丰度。Pseudomonas的占比提高至63.49%,芳香族化合物降解途径的基因丰度提高了65%,基因表达丰度提高了5.34倍。关键酶EC:1.13.11.2的表达丰度达到RI的62倍。同时复配提高了乙酰辅酶A生成途径中多数基因的丰度和表达丰度,最高可达206倍。
宏基因组(云分析)介绍 一、分析模块极具全面性 分析点模块涵盖基因预测、基因集构建、物种及功能注释、组成结构、组间比较、环境因子及网络分析共计8大模块33分析点,同时在各别分析点,皆提供物种(基于基因的NR及基于序列MetaPhlan)注释以及功能(KEGG、NOG、PHI、TCDB、VFDB、BacMet、CAZy)注释,并在各注释库下又细分...