今天我来教大家如何安装Seurat,由于依赖包比较多初次上手安装可能有些些复杂和小状况。不过不用担心,我将手把手教大家如何处理。教程的环境是Linux系统发行版本为Ubuntu。如果您是Windows思路大致是一样的。 二.教程地址 由于b站编辑器,对代码类教程支持不足.您可以前往 【生信圆桌】进行查看 ...
Seurat在更新到V5版本之后,以前在V4版本运行没问题的代码偶尔会遇到报错,这时候如果不想深究可以直接退回到V4版本,具体运行代码: #先关掉R,再打开remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))install.packages('Seurat',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev')) 注意,这个安装的是4.4.0版本。 library(Se...
检查Seurat v4是否成功安装: 安装完成后,你可以通过以下命令检查Seurat是否已成功安装以及其版本: r library(Seurat) packageVersion("Seurat") 如果成功安装,你应该会看到Seurat的版本号输出。 如果安装出现问题,查找并解决问题: 如果在安装过程中遇到任何问题(如依赖包缺失、网络问题等),请根据错误信息查找相应的...
一:已有V4/V5的seurat,再安装V4/V5 以下展示已有V4,安装V5 ##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复#检查R包默认安装路径.libPaths()#新建dir.creat("/home/biosof/seurat5/")#保存.libPaths(c('/home/biosof/seurat5/',"/usr/local/lib/R/site-library",...)) ##2.安装seuratV5remo...
就是包版本有严重不兼容的情况,大家是怎么解决的呢? 今天我以Seurat为为例希望能够让大家看完有所收获。这两天在看单细胞测序的文章,也想着进行一波小复现(跑一下作者的代码),但是这些文章的代码是基于 Seurat v4 版本的,而现在默认用的是 v5 版本,有很多的函数是不一样的,于是搞了一个 Seuratv4 与 v5 ...
最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。 1 conda create -n seurat4 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* 重点: 建一个单独的R4的文件夹 ...
install.packages("Seurat"), 弹出对话框需要选择安装各种dependent packages, 我选择Yes,没有成功安装;选择No就可以安装成功,不过是4.3版本,并不是我想要的v5版本。所以我选择目录安装的办法: Seurat_5.0.0.tgz in CRAN SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN ...
3.1选择版本 你可以访问github,在tags中找到你想要的版本 remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v4.1.1") 当出现这个页面时候,一般选择3不更新 3.2第一个报错 很快你会遇到第一个报错 【要么你是缺少它,要么你是版本过低】 由于你安装Seurat 可能需要一些系统依赖,你可以先提前安装一下。 sudo...
Seurat V4和V5版本不同造成的异常: Seurat包不同版本,可能函数及用法不同。查看Seurat包版本可通过如下命令: packageVersion("Seurat") 如果用V5版本,可能会造成的问题: Error in rownames(x = Seurat@assays[["RNA"]]@counts) : "counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中 ...
最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。 1 conda create -n seurat4 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* 重点: 建一个单独的R4的文件夹 ...