$vi ~/.bashrc #最后一行添加: export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5-1.8.17/lib:${LD_LIBRARY_PATH} $source ~/.bashrc #保存生效 重新返回R,再次安装hdf5,成功。 hdf5的安装参考 [CentOS 7 安装R-4.2.0及Seurat、hdf5r、DoubletFinder - 简书 (jianshu.com)](CentOS 7 安装R-4.2.0及Seurat、hd...
调用时发现缺少libhdf5_serial.so.100文件(如图1所示)。使用ldd命令检查home/xxx/miniconda3/lib/R/library/hdf5r/libs/hdf5r.so共享库列表,发现只有103文件(如图2所示)。 检查模块安装 🔍 检查了libhdf5-dev等模块是否安装,但必要模块均未缺失。尝试将103文件改名为100,但这样做是不行的(如图3所示)。 寻找...
export PATH=/home/ydn/opt/software/hdf5-1.10.6/build/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/home/ydn/opt/software/hdf5-1.10.6/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH 6. 安装PNETCDF 实际上这个是PnetCDF: A Parallel I/O Library for NetCDF File Access并行文件netcdf的输入输出和读写,尤其是大GB文件。 https...
问如何安装libhdf5-dev？(没有yum，rpm或apt)EN一、（1）wget不是安装方式 他是一种下载软件类似与...
搜了一下，将hdf5/bin下的文件软连接到/usr/local/bin 总算能找到h5cc了，但还是报错：libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory 查了下好像是LD_LIBRARY_PATH环境变量的问题 在~/.bashrc中修改无效，于是尝试在R中修改：这样也不会修改全局的环境变量。这...
点"Linker"=>"General"=>Additioal Library Directories",将HDF5的库路径目录加入到其中 C:\Program Files\HDF_Group\HDF5\1.12.2\lib 点"Linker"=>"Input"=>Additioal Dependencies",将HDF5的动态库名称加入到其中 hdf_fortran.lib 3)创建源代码,将测试代码复制其中 ...
Utilize the HDF5 high performance data software library and file format to manage, process, and store your heterogeneous data. HDF5 is built for fast I/O processing and storage. 利用HDF5 高性能数据软件库和文件格式来管理、处理以及存储异构数据。HDF5 为快速 I/O 处理和数据存储而大枣~ ...
确保所有依赖库已安装。 使用兼容的编译器版本。 问题2:链接错误,找不到HDF5库 原因:可能是库路径未正确设置或环境变量未配置。解决方法: 检查LD_LIBRARY_PATH(Linux)或DYLD_LIBRARY_PATH(macOS)是否包含HDF5库路径。 在编译时指定库路径,例如: 在编译时指定库路径,例如: ...
checking for library containing XML_StopParser... no configure: error: cannot find EXPAT function XML_StopParser CPPFLAGS="-I/xxxx/include" LDFLAGS="-L/xxxx/lib" CFLAGS="-fPIC" ./configure --prefix=/xxxxl --enable-shared --with-zlib-include-dir=/xxxxl/include --with-zlib-lib-dir=/xxxx...
上面的解决办法是在 R 中进行,分为两步,一是指定 h5cc路径,二是加载 libhdf5_hl.so.100库。那么我们可以通过把 h5cc 加到路径中或者是链接到 /usr/local/bin下,然后把 hdf5 库添加到 LD_LIBRARY_PATH. #软连接到/usr/local/bin for f in /usr/local/hdf5/bin/* ; do ln -s $f /usr/local/bi...