孟德尔随机化代码孟德尔随机化代码 孟德尔随机化代码是一种实验设计方法,可以帮助研究者控制实验中的混杂因素,从而得出更准确的结论。该方法的基本原理是将实验对象随机分配到不同的处理组,从而避免了混杂因素对结果造成的影响。以下是孟德尔随机化代码的示例: ``` #孟德尔随机化代码 set.seed(123) #设定随机数种子,...
meta:用于meta分析的R包,包括固定效应和随机效应模型。 devtools:一套用于开发R包的工具。 pacman:用于包管理的R包,可以简化包的安装和加载过程。 TwoSampleMR:用于进行孟德尔随机化分析的R包,特别适用于使用两个样本的MR分析。 MRInstruments:提供工具来识别和验证MR分析中的工具变量的R包。 ieugwasr:用于访问和...
步骤4:孟德尔随机化分析及结果可视化 > ## 6,进行孟德尔随机化分析> res = mr(dat)Analysing 'ieu-a-2' on 'ieu-a-7'> ## 7,异质化分析> mr_heterogeneity(dat) id.exposure id.outcome outcome exposure method Q1 ieu-a-2 ieu-a-7 Coronaryheart disease|| id:ieu-a-7 Body mass index || id...
“https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-024-46927-z/MediaObjects/41467_2024_46927_MOESM5_ESM.xlsx 代码语言:javascript 复制 source("step1_lib.R") 这里包括了将近4000个trait,所以我用了循环 代码语言:javascript 复制 options(ieugwasr_api='gwas-api.mrcieu.ac.uk/')# ...
孟德尔随机化:代码分享(二) 第一部分在这里:孟德尔中介分析全流程代码(一) 话不多说,上代码—— 1加载包 代码语言:javascript 复制 library(tidyverse)library(data.table)library(ivpack)library(meta)library(devtools)library(pacman)library(MendelianRandomization)library(MRInstruments)library(ieugwasr)library(...
孟德尔随机化代码实现 安装并载入软件包: install.packages("devtools") devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")library("devtools")library(TwoSampleMR) 运行TSMR 提取暴露因素的工具变量 options(ieugwasr_api = 'gwas-api.mrcieu.ac.uk/')#让IEU网站即时出...
中介效应代码孟德尔随机化的具体分析思路和步骤如下: 1. RA to AAS TWMR(得到总效应,beta_all)。 2. AAS to RATWMR(确定可以做中介)。 3. RA to CRP TWMR(得到beta1)。 4. CRP to AAS TWMR(得到beta2)。 5. 中介效应:beta12=beta1*beta2。 6. 直接效应:beta_dir=beta_all-beta12。 在实际...
孟德尔随机化代码 在遗传学中,孟德尔随机化是一种常用的方法,用于随机将不同基因型的个体分配到不同的处理或对照组中。这种方法可以控制基因型在实验中的分布,从而消除基因型对实验结果的影响。下面是一个示例代码,用于实现孟德尔随机化: ```python import random def mendelian_randomization(n, ratio): ''' ...
2389 -- 7:31 App 抢发神经影像学(MRI)孟德尔随机化 3453 -- 1:25 App 连最重的一步都不清楚,还做什么孟德尔随机化 763 -- 1:52:50 App 跨组织转录组学寻找疾病易感基因(UTMOST+FUSION+MAGMA+MR+共定位 论文全代码复现教程) 1900 1 1:42 App 研一新生选择生信还是孟德尔随机化? 826 -- 7:56...
此代码对应视频课程BV1TcHXezEU7,希望会对大家有所帮助。 1.FinnGen数据读取与整理 #读取暴露数据exposure_finn=vroom("finngen_R10_BMI_IRN.gz")head(exposure_finn)exposure_finn=format_data(dat=exposure_finn,type="exposure",snp_col="rsids",beta_col="beta",se_col="sebeta",effect_allele_col="...