到目前为止,在子结构搜索中,需要知道要搜索的结构作为输入结构。RDKit实现了一种使用多个分子作为输入结构来搜索通用部分结构(MCS)的算法。 MCSResult对象 FindMCS方法返回一个MCSResult对象。从这个目的,有可能获得原子和键的数目,并获得所获得结构的Smarts。 mcs_01 = rdFMCS.FindMCS([ph_mols[12], ph_mols[15...
对于合成子集中的实际子结构搜索,首先考虑最复杂的片段(通过集合片段分子指纹每一维的1的数量来测量)。(5) 合成子集合中搜索子结构。最后,根据所有启发式算法的结果来搜索匹配的合成子。 4 结果 作者在组合化学库中进行了子结构搜索实验,结果如图3和图4所示。图中展示了作者开发的工具搜索的结果、搜索时间和相关评...
子结构匹配通过SMARTS,我们可以搜索子结构:>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1O')>>> patt = Chem.MolFromSmarts('ccO')>>> m.HasSubstructMatch(patt)True>>> m.GetSubstructMatch(patt)(0, 5, 6)上述代码返回的
通过使用RDKit的子结构搜索功能,我们可以在分子中查找特定的子结构,如原子、键、环等。 要实现基于RDKit的子结构搜索,我们需要首先导入必要的库和模块,然后编写一个函数来执行搜索。在这个函数中,我们可以使用smarts和smiles表达式作为搜索条件。 以下是一个简单的示例代码: from rdkit import Chem from rdkit.Chem...
CDK(Chemistry Development Kit)是一个开源的Java化学信息学工具包,提供了分子的计算机表示和分子信息学操作的方法,包括分子的描述、图形化的分子编辑、分子数据库查询、分子特征描述符生成、分子结构搜索、化学反应预测和化学图像生成等功能。 CDK由德国国家研究中心信息技术研究所(Fraunhofer Institute for Algorithms and ...
RDKit | 子结构搜索和MCS算法 【摘要】 MCS:Maximum Common Substructure 即使查询分子与数据库分子不完全匹配,也想知道其中有多少个通用结构,即最大公共子结构(MCS)。可以使用与子图同构相同的方法来计算。也可以按原样使用公共键(边)的数量作为阈值,或将其转换为相似性指标,例如Jaccard / Tanimoto系数。 &nbs.....
CDK(Chemistry Development Kit)是一个开源的Java化学信息学工具包,提供了分子的计算机表示和分子信息学操作的方法,包括分子的描述、图形化的分子编辑、分子数据库查询、分子特征描述符生成、分子结构搜索、化学反应预测和化学图像生成等功能。 CDK由德国国家研究中心信息技术研究所(Fraunhofer Institute for Algorithms and ...
百度试题 题目使用SCIFINDER进行信息调研时,可以进行子结构搜索,扩大检索范围 A.正确B.错误相关知识点: 试题来源: 解析 A 反馈 收藏
我们研究了在局部暗晕中存在暗物质子结构的情况下,太阳暗物质的重力聚焦(GF)在无方向性直接暗物质搜索中如何影响预期信号的年度和半年度调制。 我们考虑了射手座流和可能存在的暗盘,并表明GF抑制了某些但不是全部的可表征暗晕亚结构特征的区别特征。 资源预览...
我们研究了在局部暗晕中存在暗物质子结构的情况下,太阳暗物质的重力聚焦(GF)在无方向性直接暗物质搜索中如何影响预期信号的年度和半年度调制。 我们考虑了射手座流和可能存在的暗盘,并表明GF抑制了某些但不是全部的可表征暗晕亚结构特征的区别特征。点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:1 积分 电信网络下载 ...