点选择文件按钮,分别上传准备好的目的基因和背景基因文件(可下载示例文件用作练习),我的目的基因文件包含差异信息,因此,是否包含log2FC列选“包含”;背景基因类型我这里选KO,如果你制作的背景基因文件的第2列是NCBI的gene id,则需要选ncbi-id;物种我这里选植物(避免富集到人类相关的通路),然后点提交按钮。 分析结...
在使用R语言进行GO和KEGG富集分析时,主要有以下几步:1、准备数据,2、加载必要的R包,3、执行GO富集分析,4、执行KEGG富集分析,5、可视化结果。首先,我们需要准备基因列表,然后通过加载相应的R包如clusterProfiler,使用这些包中的函数进行富集分析,最后生成可视化图表来展示结果。下面将详细介绍每一步。 一、准备数据 在...
进入GEPIA 2首页,直接输入目标基因C1orf112检索,点击GoPIA。 页面下翻找到Most Similar Genes,可直接查看或下载这100个基因到本地,作为我们下一步GO富集的前景基因列表。 二、GO功能富集分析 GO富集想必对于大家来说已不是什么难事了,这里我们使用和文章相同的方法复现,以clusterProfiler为例进行GO富集。如果不会没关...
在R语言中进行GO富集分析的步骤可以分为以下几个关键步骤:1、数据准备;2、选择合适的GO数据库;3、执行富集分析;4、结果可视化;5、结果解释。下面将详细介绍其中一个步骤——选择合适的GO数据库。 选择合适的GO数据库是GO富集分析中最重要的一步之一,因为不同的数据库会影响分析结果的准确性和可信度。常用的GO数...
昨天,有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析,功能富集分析主要是KEGG和GO。 思路 蛋白ID转UniProt数据库ID UniProt数据库ID转KEGG和GO号 使用KEGG和GO号进行富集分析 教程(实操开始) 蛋白ID数据类型 蛋白ID的数据是的使用;进行隔分的,如果要整理成一列数据,我最开始想到的就是使用sed进行处理。
获取GO注释信息.png 4-1.取消此界面1处的默认勾选 4-2.选择此界面Gene_Ontology处的2、3、4三个选项 4-3.将此界面下啦至最低处选择Function Annotation Chart选项 4-4.Function Annotation Chart界面选择Download File选项(下图红色框;如果不能下载就在网页contral + S保存后使用Excle打开)。备注:保留文件,稍...
对于使用蛋白ID进行KEGG和GO功能富集分析，有明确的步骤可以遵循。首先，你需要将蛋白ID转换为UniProt数据库ID，这可以通过UniProtKB ID Mapping工具轻松完成。接着，你可以直接在KEGG数据库或云平台进行进一步的转换，获取所需的KEGG和GO号。如果你有R语言背景，一种尝试是安装和使用特定的R包，如org.Sc....
然后,可以使用R语言中的TCGAbiolinks和DESeq2软件包来进行肝细胞癌数据的差异表达基因分析。在此过程中,我们可以筛选出显着变化的基因并进行GO富集和KEGG富集分析。 以下是一个简单的例子,展示了如何使用TCGAbiolinks和DESeq2软件包对TCGA数据库中的肝细胞癌数据进行差异表达基因分析的代码: ...
GO注释和富集分析使用TBtools完成 小编使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释,然后挑部分基因做富集分析,挑选的基因是 rpoC1rpoBrpoArpoC2atpIatpFatpEatpHatpBatpAaccDrbcLrpl22rpl23rpl20rps8rps7rps16rps15rps14rps18 AI代码助手复制代码 做完富集分析得到文件GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls...
我这只有干货!GO、KEGG分析与DAVID数据库简介(上集)!什么是GO以及KEGG?什么是富集分析?如何使用DAVID数据库来进行关于GO和KEGG的富集分析?来我这一次性弄明白! #科研狗的日常 #论文 #评职称 #在线学习 #技能 - 上海北翱于20231129发布在抖音,已经收获了379个喜欢