分析思路: 样本采集:获取 24 例未治疗胃癌患者的肿瘤及配对正常组织样本。 测序实验:进行批量 WES 和 RNA-seq 以及单细胞 RNA-seq。 单细胞数据分析:确定 11 种主要细胞类型,并细分出 81 种亚型。 联合分析: ⏩整合测序数据并关联分析:借助 genesorteR R 包整合 bulk-seq 与 scRNA-seq 数据,剖析实验组和...
多组学技术能够阐述分子调控与表型间的关联机制，系统地解析生物分子功能和调控机制。而且多组学数据资源之间也可以进行相互验证，减少单一组学分析带来的假阳性，提高研究的可靠性，通过多组学联合分析获得更全面、更准确的转录调控信息。目前这种多组学研究思路已被广泛应用于很多课题研究中，今天伯小医带大家主要从DNA层面...
在组学分析中,通常是将差异分析中所筛选出来的差异基因进行功能富集,从而根据差异基因去挖掘对处理效应作出响应的功能组分和代谢途径。 在这个案例中,首先将DEGs和DEPs进行了最常用的GO富集分析(图3.A-C)和KEGG富集分析(图3.D-E),结果表明大多数上调的DEGs和DEPs在氧化还原过程和碳水化合物代谢中富集;下调的DEGs和...
联合分析思路 01 基于通路层面的联合分析:通过整合KEGG代谢通路,将蛋白质组和代谢组数据结合起来,筛选在同一生物过程内发生显著变化的蛋白质和代谢物,从而迅速定位关键的分子。同时,可借助富集分析和KEGG通路的标色技术,实现数据关联的可视化呈现,便于结果的理解和展示。 02 基于表达层面的联合分析:通过对差异表达的蛋白...
作者使用LASSO回归和Cox回归分析鉴定缺氧-免疫相关预后特征。此外,联合组学数据和单一组学数据构建预后模型,哪种模型性能最佳。将TCGA数据分为训练集(125例)和测试集(125例),对337个DEG,17个突变基因和217个DMP进行LASSO分析和多因素Cox回归分析构建预后模型,该预后模型包括21个变量(图4B)。基于预后模型计算患者风险打...
研究思路 研究结论 本研究通过多组学分析发现:激素信号途径、苯并噁嗪类合成基因的上调表达,与Abe2的蚜虫抗性相关,类黄酮的生物合成途径在玉米抗蚜过程中发挥重要作用。该研究构建了玉米抗蚜基因调控网络,为分子育种工作提供了重要基因资源和理论依据。
中药重点研究思路 中药药用活性成分是中药的物质基础,所以针对中草药类主要采用基因组测序构建物种高质量基因组,结合代谢组及转录组等手段对其药用成分(次级产物居多,如紫杉醇,青蒿素和丹参酮等)代谢通路相关基因进行研究,对于后续药用成分的生物合成具有重要意义。 研究案例 案例一 文章题目:艾染色体规模的基因组组装揭示...
在任何的基因组、甲基化组、转录组、蛋白组、代谢组中产生的细微差异都有可能会对个体表型产生不可估量的影响。动植物多组学以基因组为基础,同时联合其他不同类型组学数据对动植物样本进行系统研究,可以深入挖掘生物功能信息,有助于全面掲示复杂的分子遗传调控机制。
17分+Nature子刊带来临床+基础研究新思路--临床试验+多组学联合生信分析删选标志物/SCI论文/科研/研究生/生信分析热点思路, 视频播放量 1424、弹幕量 0、点赞数 21、投硬币枚数 14、收藏人数 106、转发人数 15, 视频作者 尔云间, 作者简介 原创干货视频700+,干货软文1500+
微⽣物多组学研究｜16S与宏基因联合分析经典思路 前⾯提到，微⽣物群落研究可以包括物种组成，群落多样性，群落功能结构，功能作⽤情况等 多个⽅⾯（戳这⾥查看~）。16S测序技术⼀般只侧重于研究群落的多样性变化，虽然可以通过 ⼀些软件根据16S的测序数据来进⾏通路功能分析，但分析准确性往往有限。