1、多序列比对 2、显示保守区间、比对质量和共有序列 3、对多序列比对结果进行编辑 4、构建进化树 5、显示序列的蛋白结构 通过如下操作,导入文件,可支持多种文件格式(.fasta、.aln等),也可直接导入clustalx的比对结果。 使用Jalview进行多序列比较,它可以使用的比对方法较多。 各软件的比对速度(Muscle>MAFFT>Clusta...
1、多序列比对 2、显示保守区间、比对质量和共有序列 3、对多序列比对结果进行编辑 4、构建进化树 5、显示序列的蛋白结构 通过如下操作,导入文件,可支持多种文件格式(.fasta、.aln等),也可直接导入clustalx的比对结果。 使用Jalview进行多序列比较,它可以使用的比对方法较多。各软件的比对速度(Muscle>MAFFT>Clustal...
1、多序列比对 2、显示保守区间、比对质量和共有序列 3、对多序列比对结果进行编辑 4、构建进化树 5、显示序列的蛋白结构 通过如下操作,导入文件,可支持多种文件格式(.fasta、.aln等),也可直接导入clustalx的比对结果。 使用Jalview进行多序列比较,它可以使用的比对方法较多。 各软件的比对速度(Muscle>MAFFT>Clusta...
(对第2步的简单说明:如果这里导入的是已经由其他软件比对之后的序列,则有必要执行第2步;如果导入的是未经比对的原始序列,则没必要执行第2步,因为在Jalview进行比对后,会重新生成这四行注释信息。) 从上图看到下面的条形图,其实就是比对注释信息,通常来说我们不需要这些信息,因此,为了便于后续的多序列比对和美化,这...
1.SnapGene软件(请多支持官方认可的正版软件) 2.需要比对的DNA序列(本文以包含多个FASTA序列的TXT文件为例) 具体步骤 1.打开SnapGene软件,将txt文件拖入软件起始界面。SnapGene将自动识别txt中的每条序列,并将它们拆分成为单独的序列文件,点击“Import”,SnapGene将生成一...
使用Jalview进行多序列比较,它可以使用的比对方法较多。 各软件的比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW)。(参考:https://www.jianshu.com/p/19ce91d3dfe8) 这里我们使用的是Muscle 比较结果如图所示
下面以txt序列文件为基础,介绍一下详细的多序列比对流程: (txt文件怎么来的?在搜索栏中搜索“保守序列”,点此搜索) 1 打开SnapGene,直接将txt拖入snapgene起始界面。 2 SnapGene将自动识别txt中的每个序列,并将其拆分成为单独的序列文件,点击“Import”,软件将生成一个文件夹,文件夹中含有txt中的每一个FASTA序列。
MEGA是一款生物序列分析软件,支持多序列比对、进化树构建、分子进化分析、可视化序列分析结果等功能。 MEGA 提供免费使用,支持 Windows 和 macOS 平台。 官方网站:https://www.megasoftware.net 下载MEGA 软件 1. 访问官网下载页面 打开MEGA 官方网站https://www.megasoftware.net,网站会自动识别您的操作系统,并推荐...
Vector NTI® 软件是Thermo开发的一款完善的序列分析和设计工具的集成套件,能够帮助您管理、查看、分析、转换、共享和发布多种类型的分子生物学数据。 Vector NTI实际上是一个软件包,安装目录中有这样一个程序:Alignment.exe。这就是用于多序列比对的软件。
几个常用的多序列比对软件 DANMAN是一个简单常用的核酸序列分析软件，它支持多序列比对、序列同源性分析、限制性酶切位点分析、PCR引物设计、质粒绘图等多种功能，并且是非常友好的Windows界面、软件占用内存小、兼容性也比较好，DNAMAN可以说是分子生物学人的必备工具之一了。Clustal是基于渐进比对的多序列比对工具，有...