Jalview的序列标识图比较美观,整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文),可利用AI等工具进一步修图,例如只保留序列比对图和序列标识图,并与前期的家系分析图和一代测序峰图合并、保存,最终插入到文章中使用。
Jalview的序列标识图比较美观,整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文),可利用AI等工具进一步修图,例如只保留序列比对图和序列标识图,并与前期的家系分析图和一代测序峰图合并、保存,最终插入到文章中使用。
1.多序列比对数据准备 这里我们我们利用上一篇文章的19条SPL15蛋白序列为例,利用MEGA7进行多序列比对。 导出比对好的多序列文件,命名为19.fas 2、导入多序列比对结果进GeneDoc 点击Done确定 2、多序列比对结果美化设置参数 点击C进去进行参数设置,点击Project,选择保守序列不显示,同时对字体颜色进行设置,点击确定 3、...
首先用鼠标选中裁剪区域(上方红色区域)。 再点击"Edit",选择"Deleta"进行删除 总结 Jalview的序列标识图比较美观,整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文),可利用AI等工具进一步修图,例如只保留序列比对图和序列标识图,并与前期的家系分析图和一代测序峰图合并、保存,最终插入到文章中使用...
1.多序列比对数据准备 这里我们我们利用上一篇文章的19条SPL15蛋白序列为例,利用MEGA7进行多序列比对。 导出比对好的多序列文件,命名为19.fas 2、导入多序列比对结果进GeneDoc 点击Done确定 2、多序列比对结果美化设置参数 点击C进去进行参数设置,点击Project,选择保守序列不显示,同时对字体颜色进行设置,点击确定 ...
1.多序列比对数据准备 这里我们我们利用上一篇文章的19条SPL15蛋白序列为例,利用MEGA7进行多序列比对。 导出比对好的多序列文件,命名为19.fas 2、导入多序列比对结果进GeneDoc 点击Done确定 2、多序列比对结果美化设置参数 点击C进去进行参数设置,点击Project,选择保守序列不显示,同时对字体颜色进行设置,点击确定 ...
今天的推文我们来试着复现一下这个图 首先是一个多序列比对文件 image.png 读取数据 代码语言:javascript 复制 df<-phylotools::read.fasta("data/20221126/pnas.fasta")df 把序列拆分成一个碱基一列 代码语言:javascript 复制 df%>%tidyr::separate(seq.text,paste0("col",str_pad(1:28,2,side="left",pa...
首先选中比对序列 (下图红框),按照如下操作 Calculate 选择比对算法 序列的剪辑 文章中一般只展示目标区域,需对序列进行裁剪。首先用鼠标选中裁剪区域(上方红色区域)。 再点击"Edit",选择"Deleta"进行删除 总结 Jalview的序列标识图比较美观,整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文),可利用...
比对序列绘制 ggmsa(fasta,start=10,end=50) 效果图 虽然多序列比对图出来了,但是以默参输出的图颜值明显不够打。因而我们需要对其进一步的美化。 ggmsa(fasta,start=10,end=50,font="helvetical",color="Chemistry_AA",custom_color=NULL,char_width=0.9,none_bg=FALSE,by_conservation=FALSE,position_highligh...
① 该代码首先执行多序列比对,并生成距离矩阵用于 NJ 树构建。 ② 利用 ggtree 绘制 NJ 树的环形和长方形布局,分别保存为 PDF。 ③ 使用 ggmsa 对原始序列文件进行可视化,生成比对图并保存为 PDF。 生物信息学领域非常广泛,难以一次说尽。我们下次继续更新,一起深入学习生物信息学的内容!