通过Astral方法，我们可以整合这三个基因树的信息，得到一个更准确的物种树，即A和B构成一个分支，C单独构成一个分支。总之，多基因联合建树软件astral方法是一种高效、准确的物种树构建方法，适用于各种复杂的进化场景。通过整合多个基因的信息，它可以提高进化树的可靠性和准确性，为进化生物学的研究提供了...
总的来说，Astral方法是一种有效且广泛应用的多基因联合建树方法。它通过整合多个基因树的信息，提高了物种树构建的准确性和可靠性，有助于我们更好地理解物种之间的进化关系。
使用方法:Rscript njstm.r treefile mapping method outputfile .treefile:genetrees with phylip format .mapping:gene-copy/species mapping file .method:NJstM 中你想用的算法 outputfile:建好的物种树的名字。以phylip文件保存。 inputfile format Mapping :映射是一个简单的表格,第一列是gene -copy,第二列是...
用这个测定quartet support。quartet score 是测量基因树与分支冲突的好办法。 -t 4:输出3个local posterior probability,就是前文说的三种拓扑结构。 -t 2:当你使用这个参数,许多分支都会得到很多测量。 q1,q2,q3:分别展示了main topology,和另外两种拓扑结构的quartet support。 f1,f2,f3:分别展示main topology ...
输入的genetree支持多分支。 输出的结果是Newick格式,可以用很多软件查看。 astral测量branch length 是用coalscent units。不是我们通常认为的boostrap value -q参数 得到的是quartet score 和branch length 和 branch support values。0.9表示genetree产生的quartet tree的90%存在于species tree中。为树打分的命令如下:...