今天来看看如何使用堆叠小提琴图展示你的特征基因,这个需求在单细胞分析中也是非常常见。图来自文献《Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury》,于2023年10月4号发表在
Seurat的堆叠小提琴图其实已经可以了,当然也可以使用ggplot2进行更多的自定义。 三ggplot2-堆叠小提琴图 1,提取,转化数据 首先使用FetchData提取出marker gene的表达量,celltype /seurat_clusters(宽数据),然后转为ggplot2读取的长数据类型 。 此外对照上述的图,可以看到celltype /seurat_clusters一个表达量值,而Fetc...
通过堆叠小提琴图,可以直观地观察到不同细胞群或细胞类型之间基因表达的差异。比如,如果某个基因在某个细胞群中表达水平较高,在另一个细胞群中表达水平较低,那么在堆叠小提琴图中就可以看到两个小提琴图在该基因处的高度差异。 除了表示基因表达水平差异外,堆叠小提琴图还可以显示每个细胞群或细胞类型的分布范围,即...
小提琴图在 单细胞领域应用非常广泛,能比较好地展现具体的某个基因在不同的单细胞亚群的表达量高低分布情况,如下: 这个图说明了这个 Igkc基因,基本上每个细胞亚群都有表达,其中在编号… 曾健明发表于生信技能树 单细胞小提琴图+箱型图 生信交流平...发表于R语言 单细胞文章绘图——堆积小提琴图 大韦韦 记录自己...
画个同款新奇的“Galaxy”星系UMAP图(Nat Immunol:IF27.8) 今天来看看如何使用堆叠小提琴图展示你的特征基因,这个需求在单细胞分析中也是非常常见。图来自文献《Single-cell dissection of cellular and molecular features underlying mesenchymal stem cell therapy in ischemic acute kidney injury》,于2023年10月4号发...
在期刊中会见到一类小提琴图的组合类图表,在单细胞文献中比较常见,如用于展示目标亚群Marker基因的表达分布等等。如下面这两个顶刊Nature的堆叠小提琴图案例: Fig1( Nature ,2020) Fig2( Nature ,2017) Fig1用堆叠小提琴图展示了造血集群中关键谱系相关基因的表达水平,Fig2也类似。那么这类看似复杂的组合小提琴图...
Seurat的堆叠小提琴图其实已经可以了,当然也可以使用ggplot2进行更多的自定义。 三ggplot2-堆叠小提琴图 1,提取,转化数据 首先使用FetchData提取出marker gene的表达量,celltype /seurat_clusters(宽数据),然后转为ggplot2读取的长数据类型。 此外对照上述的图,可以看到celltype /seurat_clusters一个表达量值,而Fetc...
如果涉及到两组数据,是否也能够使用堆叠小提琴图的形式,在一张图中进行直观比对呢?当然OK!豆荚图作为分组小提琴图的变形,由两个分半小提琴图拼合而成,在这里就非常的适合! #相关R包安装与载入: devtools::install_github('erocoar/gghalves') library(gghalves) ...
使用ggplot创建多个堆叠的小提琴图。 rggplot2violin-plot 4 我有一个模型在不同景观上运行,一次同时在两个上运行,一次分别在每个上运行。我想要用小提琴图来绘制结果,但我想要在同一个图中将这两次运行并排而列,并且每个景观都有自己的小提琴(因此是2个堆栈中的4个小提琴)。示例数据: df1 <- data.frame(...
摄图新视界提供木制小提琴堆叠在白色背景和艺术风格。图片下载,另有古董,艺术,艺术,背景,巴洛克式,黑色,棕色,大提琴,经典,古典,特写,概念,音乐会,协奏曲,教育概念图片搜索供您浏览下载,每张图片均有版权可放心商用,您正在浏览的图片为12g3yk