基因结构和motif是生物学中非常重要的概念。基因结构指的是基因在染色体上的位置和组成,包括起始密码子、终止密码子、外显子、内含子等。motif则是指基因组序列中的一些特定的序列模式,这些序列模式在基因的调控和功能中起着关键的作用。 基因结构和motif的研究对于理解基因的调控机制和功能非常重要。通过对基因结构的...
首先打开MEME网页进行在线分析,设置输入P450基因家族蛋白序列点击提交。 上传数据后会自动识别为Protein,可以设置希望发现的motif数量,这里设置为10,最后点击提交。 在输出结果中点击MAST XML output下载。接下来在TBtools中进行可视化。 设置输入文件mast.xml,可视化结果如下。 6.基因家族保守结构域分析 首先打开NCBI的Batc...
这个办法让我成功保存了一个txt格式的注释文件,可我要的是 gff类型的文件啊。 2.删除全基因组gff注释文件里的非目标基因的注释文件再保存…这办法,算了吧,我大学生应该还有办法。 3.自暴自弃,这图我不做了。 最后,我在之前学的一个基因家族相关课程里找到了一个perl脚本正符合我的需求!这个课程很不错,我自...
小编提取了葡萄基因组中40个含有CTT motif的基因序列,使用mega构树,树形文件如上 (3)目标序列的gff3格式文件,小编这里需要用到mRNA跟CDS,示例如下,红色框里的必须要有且一致 image.png (5)meme鉴定的motif,需要xml格式的输出文件,可以直接用Tbtools里的meme做比对,如下 image.png (6)功能注释结果文件,四列组成,...
CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件,主要用于生物信息学分析中的基因结构分析,能绘制进化树图,Motif图,结构域图,启动子图,BED文件等多种图表的绘制和组合绘制。 CFVisual_V2.1可以免费从GitHub网址(https://github.com/ChenHuilong1223/CFVisual/relea...
基因的启动子区域,而启动子是RNA聚合酶的识别位点,因此i-Motif结构可能是RNA聚合酶的识别位点,B正确;C、i-Motif结构是一条DNA链形成的,不遵循碱基互补配对原则,因此其中A和T、C和G的含量不一定相同,C错误;D、该结构常位于启动子(启动子是RNA聚合酶的结合位点)部位,会影响基因的转录,因此可能与基因选择性表达...
i-Motif科学家发现了DNA分子中有一种i-Motif结构(同一条DNA链上的胞嘧啶彼此结合),该结构多出现在原癌基因的启动子(控制基因的开启和关闭)区域和端粒中。下
MEGA可以基于序列构建进化树,并显示进化树。借助GSDS可以把基因结构和进化树合并显示。MEME可以分析蛋白序列motif,获得的结果文件中就能显示motif结果,但是导出保存成PDF或者PNG是个问题。 如何将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示,而不是利用PS去拼图?试了很多软件也没看到好用的?其实你用TBtools就可以了!
MEGA可以基于序列构建进化树,并显示进化树,借助GSDS可以把基因结构和进化树合并显示。MEME可以分析蛋白序列motif,获得的结果文件中就能显示motif结果,但是导出保存成PDF或者PNG是个问题。 更何况将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示,而不是利用PS去拼图?试了很多软件也没看到好用的?其实你用TBtools就可以了...
MEGA可以基于序列构建进化树,并显示进化树,借助GSDS可以把基因结构和进化树合并显示。MEME可以分析蛋白序列motif,获得的结果文件中就能显示motif结果,但是导出保存成PDF或者PNG是个问题。 更何况将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示,而不是利用PS去拼图?试了很多软件也没看到好用的?其实你用TBtools就可以了...