差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA以及基因的方法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是Fold change方法。 它的优点是计算简单直观,缺点是没有考虑到差异表达的统计显著性;通常以2倍差异为阈值,判断基因是否差异表达。Fold change的计算公式如下: 即用疾病样本的表达均值除以正常样本的表...
FDR值的计算方法如下：1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2，样本一中唯一比对...
简介: 差异基因分析:fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性) 做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。 Q-value,...
3. 基因长度和转录本复杂性:更长的基因和更复杂的转录本可能更容易在测序中被检测到,即使它们的表达水平相似。 Q7:某基因在两个样本中表达量差别很大,却不存在于显著差异的基因列表中,这是为何? 1. 表达量差异与统计显著性的区别:表达量的差异和统计显著性是两个不同的概念。即使两个样本之间的表达量差异很大...
在利用RNA-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候，一般选取两个标准：i）FoldChange FoldChange，很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。可以用RPKM值来计算，关于RPKM的计算方法，请参考<RPKM的简介> ii）FDR校正后的p-value，即q-value FDR值的计算方法如下...
由于转录组测序的差异表达分析是对大量的基因表达值进行独立的统计假设检验，会存在假阳性问题，因此在进行...
差异基因分析 结果: 结果解读: 图中是使用limma包进行差异基因分析后的部分结果,其中logFC,adj.P.Val,P.value是比较重要的参数。 logFC代表基因两组样本中相对的变化趋势,一般认为 有意义,可根据具体数据分析情况选值; adj.P.Val是调整后的P值,一般认为adj.P.Val<0.01有意义,可以根据具体数据分析情况调整选值...
一般GO富集分析后会看到这样的表格，第一列表示GO的三个levels，ID表示 GO数据库ID，Decription：表示该GO term的功能描述，GeneRAatio：富集到该term里的差异基因数/全部差异基因数，BgRatio：该term的全部基因数/该物种全部有GO注释信息的基因数，pvalue是p值，p.adjust表示矫校正过的p值，qvalue是q值，geneID...
利用R可以绘制并分析基因芯片数据的火山图来显示差异基因及p-value。A.正确B.错误的答案是什么.用刷刷题APP,拍照搜索答疑.刷刷题(shuashuati.com)是专业的大学职业搜题找答案,刷题练习的工具.一键将文档转化为在线题库手机刷题,以提高学习效率,是学习的生产力工具
选择与研究思路相关的目标或者候选基因验证(至少20 个);优先挑选表达量高(如至少在一个样品中的表达量FPKM>50)的基因; 测序深度相对较高(如read count>20)的基因;差异倍数大的基因;组间表达差异显著性水平更高(p-value 或q-value 更小)的基因。● 进行科学合理的引物设计...