motif是出现在一组相关基因中含有某种特征的短序列,其上面往往含有一些转录因子识别的位点。motif分析则是通过将得到的蛋白序列提交到MEME(meme-suite.org/index.ht)进行预测,参数设置为最大motif数设为15,motif长度设为6到200aa。基因结构和motif展示利用在线工具evolview进行可视化和美化。目前motif预测主
WRKY基因家族是植物发育和应对胁迫的重要转录因子家族。目前,关于红花(Carthamus tinctorius L.)中WRKY基因家族的研究很少。本研究从红花基因组中鉴定出82个CtWRKY基因,基于它们的结构和系统发育特征将其分为3个主要组和5个亚组。基因结构、保守结构域和基序分析结果表明,同一亚族中的CtWRKY基因维持着一致的外显子/内...
鉴定基因家族 基因家族(gene family),是来源于同一个祖先,由一个基因通过基因重复而产生的一组基因,它们在结构和功能上具有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物,行使相似的功能。同一个基因家族有着相同的保守结构域(domain),我们可以根据这个特点从蛋白序列中筛选目标基因家族成员。 以我做的WRKY基因家族为例,简单讲...
点击下方表格中的结构域名称我们可以得到该结构域的全称、描述等详细信息,可以看到我这个基因的结构域为 Cystatin,所以后面我便以水稻 Cystatin 基因家族为基础展开一系列生物信息学分析 搜索相关文献 通过NCBI、知网、web of science 等文献检索网站查找结构域相关的文献,看该结构域是否已经被鉴定以及关于此结构域的研究...
鉴定基因家族成员的方法主要有两种:BLAST和HMMER搜索。以下是具体步骤: BLAST搜索🔍 利用其他物种中已知的基因家族序列,与目标物种的基因组进行比对。 通过序列相似性,确定候选成员。 HMMER搜索🔍 通过其他物种中已知的基因家族成员的PFAM结构域ID,在目标物种的基因组中进行比对。
一直以来,做基因家族分析都是一个难点。麻烦在于如何准确鉴定家族成员。方式无非两种: 基于序列BLAST 基于保守结构与 HMMER 不过这两类多少都有一些假阳性或者假阴性,尤其 HMMER。对于 BLAST ,可以做到又全又好,但是知道怎么干的人不多。操作起来也麻烦。会存在一些软件或者流程,可以做自动化鉴定,但具体表现未知。当然...
本实验利用远志三代转录组数据,以bZIP基因家族为研究对象,对其基因家族进行成员鉴定和生物信息学分析,并确定其在远志中的结构特点与进化特征,进一步通过实时荧光定量分析其在不同组织、不同处理条件下的表达模式,为后续深入研究bZIP的生物学功能奠定基础,同时为bZIP家族可能参...
遗传相关分析是聚类分析的一种,通过分析患者的基因组数据及其他的数据,使用相关的软件来探索其基因家族。对于某种特定疾病,可以采用基因家族鉴定,即以基因组为基础,分析患者的基因家族以及基因结构,以及某种特定疾病在这些基因家族中的分布情况,从而鉴定出有可能与这种疾病相关的基因。
近日,《生物技术通报》在线发表了题为《芥菜SRO基因家族全基因组鉴定与表达分析》的研究报告。本文利用芥菜全基因组数据获取芥菜SRO基因序列,分析基因结构、蛋白序列与保守结构域、分子进化关系、基因功能、miRNA调控网络、蛋白互作及基因表达等,旨在研究芥菜...
茶树WRKY基因家族鉴定方法 基于转录组数据 利用已有的茶树转录组数据，通过生物信息学方法筛选出WRKY基因家族成员。序列比对分析 对筛选出的WRKY基因家族成员进行序列比对，进一步确定其家族分类和特征。数据库查询 将WRKY基因家族成员与公共数据库进行比对，获取其相关信息和功能注释。茶树WRKY基因家族成员鉴定结果 鉴定出多个...