如果做植物的话建议尽量选择在phytozome 上下载,注册账号简单快捷,最关键的是该数据库格式非常规范,对后续分析有很大帮助。 根据选择物种信息下载数据,并基于数据信息提取最长 cds 以用于后续基因家族聚类分析的输入。 这里需要下载物种的 .fa .cds .pep .gff 文件,数据包括: # 基因注释文件 xxx.gff3 # cds序列文...
Percentage of unassigned genes29.1###没有聚类上的基因数目 Number of orthogroups536###基因家族数目 Number of species-specific orthogroups5###物种特有基因家族数目 Number of genes in species-specific orthogroups 95###物种特有基因家族中包含的基因总数 Percentage of genes in species-specific orthogroups3...
基因家族聚类分析:揭示生命进化与功能保守性的秘密在生命科学的研究中,基因家族是一组具有共同起源和相似功能特征的基因。基因家族的聚类分析是一种重要的研究方法,它能够帮助我们理解基因家族的进化关系、功能保守性以及适应性变化。本文将详细介绍基因家族聚类分析的方法、应用和意义。基因家族的定义与特征基因家族通常由...
分析的物种所有基因的数目、聚类上的基因数目、没有聚类上的基因数目、聚类上的基因数目占比、物种特有基因家族的数量、物种特有基因家族中包含的基因总数、物种特有基因家族中包含的基因总数占比、基因家族平均含有的基因数目、基因家族含有的基因数目的中位数值、按照基因家族中包含基因数目从大到小排列的基...
*Single-copy orthogroup:在直系同源组中,每个物种里面只有一个基因。我们会用单拷贝直系同源组里的基因推断物种树以及其他数据分析。*Unassignedgene:无法和其他基因进行聚类的基因。*G50和O50,指的是当直系同源组按照基因数从大到小进行排列,然后累加,当加入某个组后,累计基因数大于50%的总基因数,那么所需要的...
软件名称基因家族聚类分析软件 软件简称GF cluster analysis版本号V1.0 登记号2020SR0194718分类号- 著作权人博奥生物集团有限公司首次发表日期2019-08-15 登记日期2020-03-02 该公司其他软件著作权 序号登记日期软件全称软件简称登记号版本号 12025-01-21情志调理HarmonyOS版ERApp-HarmonyOS2025SR0141648V1.0 ...
基于模糊邻近关系的p53抑癌基因家族聚类分析
OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族扩张收缩分析 功能富集 2. 正文 2.1 Orthogroup概念介绍 Orthologous指直系同源。与其对应的一个概念是旁系同源paralogous。 只要记住Ortholog基因是由Species differentiation形成的,而paralog基因是由gene duplication 形成的就可以区分清楚。比如组蛋白H1.1和...
功率谱研究p53家族基因的最大功率谱,信噪比,位移偏度和三周期性强度等性质; 最后利用p53家族基因的三周期性分析结果, 构造其特征向量并进行分布聚类分析.结果显示, p63基因和其他两类基因的性质较为接近, 而p53和p73基因的性质差异相对较大.另外, 通过实例说明和比较分析的方式证明分步聚类分析对p53家族基因具有较高...
为进行多物种的系统发育分析,进行基因家族的聚类工作是必不可少的。 物种数据准备 首先,需要根据拟研究的对象去准备物种数据。如果做植物的话建议尽量选择在phytozome 上下载,注册账号简单快捷,最关键的是该数据库格式非常规范,对后续分析有很大帮助。 根据选择物种信息下载数据,并基于数据信息提取最长 cds 以用于后续基...