与其对应的一个概念是旁系同源paralogous。 只要记住Ortholog基因是由Species differentiation形成的,而paralog基因是由gene duplication 形成的就可以区分清楚。比如组蛋白H1.1和H1.2是由gene duplication 形成的,所以是paralog;而human histone H1.1和chimpanzee histone H1.1都是histone H1.1,只不过因为物种分化而分配到两...
python2 $CafePATH/python_scripts/cafetutorial_report_analysis.py -i out.cafe -o out.report #形成文件 #out.report_anc.txt #和GeneCounts.tsv内容相似,格式不一样 #out.report_fams.txt #每个节点发生扩张收缩的基因家族,有*是具有显著性。 #out.report_pub.txt #每个物种收缩、扩张、获得、丢失的...
1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分: 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族扩张收缩分析 功能富集 2. 正文 目前,似乎大家都是自己写程序提取基因的最长转录本,写起来还是有些费劲的,这里是我的方案 从注释文件拿到最长转录本信息 从基因组...
另外尤其需要注意一点,CAFE的关键参数有一lambda,输入文件有二:其一是时间分化树,上面已经说明了注意事项;其二是GeneCounts.tsv文件,做基因家族扩张收缩分析应该将该文件N0节点上不存在的OG过滤掉(也就是根节点排序过滤掉为0的那些OG)。这一点CAFE4似乎不会替我们完成,输出结果和过滤后并不一致,CAFE5应该是会自动过...
基因家族扩张和收缩 - 基因家族(gene family),是来源于同一个祖先,由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因,它们在结构和功能上具有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物, 同一家族基因可以紧密排列在一起,形成一个基因簇,但多数时候,它们是分散在同一染色体的不同位置,或者存在于不同的染色体...
直系同源基因是不同物种中由共同祖先基因演变而来的一类同源基因。它们在物种进化过程中保留了相似的功能，虽然在功能上可能有差异。通过分子系统学分析可以推测基因间的同源关系。基因家族的扩张与收缩则表现为基因在物种间重复或丢失。基因家族的复制增加了基因多样性，有助于物种适应环境变化。基因家族的收缩...
套路 这通常就是基因组组装后的必做分析,通过比较基因组学的手段进行分析,可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化,从而导致了其特殊的适应性机制的形成。 参考: Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance
对9个寄生蜂基因组数据开展了全基因组水平的基因家族分析,包括4个茧蜂科物种、4个小蜂总科物种和1个尾蜂。分析结果表明,同一个科的寄生蜂,在基因家族的扩张和收缩方面既存在共性也存在较大的差异。对同时在3个以上(含3个)物种中扩张或收缩的基因家族进行了进一步的分析,表明细胞运动、营养物质合成相关的基因家族...
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继续删除，或者你选用的物种是不是差异太大