一个基因家族,一般存在于多个物种(不同物种中的叫亚家族基因),并且很多基因家族都是转录因子,可以对家族内基因启动子区域进行分析;还能找几个物种,分析同源基因的基因结构、motif 分析,找到保守的 motif;还可以结合湿实验 QRT-PCR,找出十几个或二十个基因做不同组织的表达量,看哪些基因具有较强的组织特异性表达性。 二、使用案例:
是一个祖先基因经重复或突变所产生的功能相关的同源基因,编码相似的蛋白质产物。同一家族基因可以紧密排列在一起,形成一个基因簇,但多数时候,它们是分散在同一染色体的不同位置,或者存在于不同的染色体上的,各自具有不同的表达调控模式。 基因家族分析 研究物种里面的能够行使同样功能的基因数量、保守型、变异程度、是...
基因家族来源于同一个祖先,由同一个gene通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组gene,其在结构和功能上就有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物,同意家族gene可以紧密排列在一起,形成一个基因簇,但多数时候,他们分散在同一染色体的不同位置,或存在于不同的染色体上,各自有不同的表达调控模式 序列高度相似的...
一,在Pfam数据中获得基因家族 我们这里预测作物中某一个基因家族的基因,目前在此作物中未报道。因此,使用Pfam数据库中一致的基因进行同源搜索(其实,你也可以使用已知作物中的基因进行同源搜索,获得结果基本一致)。那么我们就根据文章中和报道的Pfam数据库中的基因作为基序,进行同源搜索。 在Pfam数据库中下载FBNs基因家...
上面的注释结果中不一定有目的基因家族成员,这个时候需要我们直接从Pfam网站下载对应基因家族的HMM模型,或者使用多序列比对构建HMM模型,再进行基于蛋白结构域的比对寻找候选的基因家族成员。 2.1 使用TBtools的Simple HMM Search功能 TBtools这个软件功能还是比较全的,确实可以实现无代码做基因家族分析。但是我觉得还是有必要...
6. 简单基因家族分析 2023.09.24 1. 任务背景 芝麻是一种油料作物.产油比其他作物高很多,这里以基因的背景来研究芝麻产油的原因.这里我们专门研究FAD4基因,它在油脂合成中也起到重要作用.我们对比不同作物的FAD4基因的拷贝数,研究它对产油的影响....
1、基因家族生信分析一、 什么是基因家族概念:是来源于同一个祖先,有一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因,他们在结构和功能上具有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物。划分:按功能划分:把一些功能类似的基因聚类,形成一个家族。按照序列相似程度划分:一般将同源的基因放在一起认为是一个...
基因家族共线性分析是一种重要的生物信息学方法,用于研究不同物种或同一物种内不同染色体上基因家族的排列顺序和保守性。通过这种方法,我们可以揭示基因家族的进化历史、功能保守性以及可能的基因重组事件。本指南旨在提供一套完整的流程,帮助研究人员进行基因家族共线性分析。 二、材料与方法 数据准备: 收集目标物种的基...
“基因家族分析”的对象是基因家族,所以如果有目标基因,可以扩大为目标基因所在的基因家族进行分析,分析手法和思路都类似于“单基因分析”(ps:只是“基因家族分析”更便于构建模型),但它的创新性更高哦!所以在分析难易度没差别、思路优势也一致的情况下,如果能找到“基因家族”,小伙伴们也可以考虑更具创新性的选题...